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秸秆是一种主要的稻田有机原料。依靠秸秆碳生长的微生物尚未得到很好的研究。有学者利用13C标记的秸秆应用于淹没的水稻进行土壤微宇宙，并分析土壤和渗滤水中的磷脂脂肪酸（PLFA），以追踪秸秆碳如何被微生物的同化。在培养的第3天，土壤和水中的PLFA明显富含13C，这表明秸秆来源的碳立即结合到微生物生物量中。渗滤水中也富集13C标记的PLFA，这一结果表明，除了定居在秸秆上的微生物群落外，可能还有其他的微生物也吸收了秸秆来源的碳。根据PLFA的碳13同位素数据，微生物种群可分为两个群落：依靠秸秆碳的微生物群落和依靠土壤有机质的微生物群落。两个群落的PLFA组成不同，这表明稻草来源的碳被一部分微生物种群同化。渗透水中秸秆来源的PLFA的组成也与依靠土壤有机质的PLFA有所不同。辽宁玉米C13稳定同位素标记秸秆购买利用稳定同位素秸秆研究秸秆激发效应。

稳定同位素秸秆在农业科研领域具有重要的科研价值。秸秆还田有助于增加土壤有机质，而微生物是秸秆转化为有机质的主要参与者，但具体哪些微生物是降解秸秆的主要参与者还不清楚。利用稳定性同位素探针技术(稳定性同位素标记秸秆，C13秸秆，同位素秸秆，碳13秸秆)对土壤中的秸秆降解菌进行了研究。结果表明未加秸秆时高产土壤中主要细菌有Tumebacillus,Ralstonia,Massilia和Burkholderia；低产土壤中主要有Massilia,GP1和Gammatimonas。秸秆添加后第16天，不加秸秆处理高产土壤中主要有Tumebacillus，Ralstonia，Noviherbaspirillum和Massilia；低产土壤中主要有Massilia,GP1,Gemmatinonas和burkholderia。添加秸秆处理高产土壤中秸秆主要降解菌为Massilia,Burkholderia,Dyella和Ralstonia，低产土壤中主要为Massilia,Burkholderia,Arthrobacter和Sinomonas。

除了直接利用稳定同位素标记秸秆进行实验外，还可将标记的秸秆烧制成生物质炭。有学者利用13C稳定性同位素标记的小麦秸秆制作成生物炭，研究了生物炭在不同土壤中的矿化速率差异。研究结果表明：生物炭添加到四种类型的土壤中室内培养368天后，生物炭碳在不同土壤中的矿化量存在差异，寒区水稻土中为15.6mgC/kg土（0.25%），红壤性水稻土中为14.2mgC/kg土（0.23%），黄淮海中为10.4mgC/kg土（0.17%），低肥力红壤性水稻土中为9.92mgC/kg土（0.16%）。生物炭碳矿化量与土壤全钾（r=0.679）以及全碳（r=0.584）含量均有的正相关关系。同位素与普通元素及其化合物之间的化学性质和生物学性质是相同的，只是具有不同的核物理性质。

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