习惯与化学农药混用降低活性
微生物菌剂中含有活菌成分，将微生物菌剂与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物菌剂能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
使用方法和时间掌握不当
微生物菌剂使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
作物在定植后易出现烧苗、闪苗、沤根现象，引发枯萎病、疫霉根腐病、腐霉根腐病、茎基腐病、青枯病等病害。海南正规微生物菌剂制造商
是检查包装上是否标有产品生产日期和有效期。因为生物有机肥料中的特殊功能菌种是活的、有生命的，随着产品保存时间的延长，特殊功能菌种的有效活菌数(cfu)会不断减少，所以产品有效期标得太长是对用户不负责的。是看包装上的执行标准。生物有机肥和普通有机肥料的产品执行标准不同，生物有机肥是NY884-2012、农用微生物菌剂GB20287-2006，而普通有机肥是NY525-2012。是查看包装袋上的生产日期、保质期、保存条件。因为微生物肥料含的是活菌，每种活菌都有一定的存活时间，超过保质期的产品其效果就不再有保证。云南通常微生物菌剂制造商有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
随着科技的进步，微生物菌剂的效果越来越稳定，不但具有多种功效，促根、改土、抗重茬，而且对环境对人体友好。随着人类对品质生活要求的提升以及种植户认识的提高，微生物菌剂在农业生产上的应用也越来越多，未来也必将成为农业生产的主流必需品。
但现在仍有一些农户朋友抱怨，微生物菌剂应用效果不佳，这一方面是他们没有买到好的微生物产品，另一方面也可能是没有掌握微生物菌剂的正确使用方法。
那么微生物菌剂要如何正确使用呢？
由于微生物是活的生命，并且要有足够多的量才能发挥比较好的效果。因此我们要保证微生物菌剂能活着到达发挥作用的部位，并能迅速地增殖，产生足够多的数量以发挥功效。在考虑成本的情况下，土施的产品应尽量让微生物菌剂在根际，即根系及其周围的土壤中发挥效果，能获得更好的性价比。
对树体生长发育的影响 研究表明，设施桃树上施用微生物肥料后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了桃的坐果率，比对照提高45.6%；成熟期提前，比对照早熟10~12天。在设施草莓上施用微生物肥料后，植株生长明显改善，所有指标均高于对照。对土壤理化性质的影响 研究结果表明，施用微生物肥料后，果园土壤容重变小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物数量，土壤透气性得到改善，有机质含量明显提高，土壤供氮和供磷能力增强，土壤酸碱性得到改善，有利于土壤中养分的释放。在盆栽葡萄上的研究结果表明，施用微生物肥料后，盆栽葡萄土壤中放射菌和细菌等有益菌的数量明显增加，其中放射菌含量达到7.6×108，是鸡粪和牛粪的200多倍，比羊粪也高出80多倍。微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节！
微生物菌剂施用时间一般为清晨或者阴天。微生物菌剂中的芽孢杆菌不能在阳光下直射，会使其繁殖、代谢等活动受到影响，甚至会是去活性，一定要避免在炎热高温的天气使用。微生物菌剂对土壤条件要求比较严格，像土壤水分含量、有机质含量、以及pH值的大小都会影响其作用的发挥。一般菌适宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后应立即浇透水，菌肥和有机肥混合施用，可以***提高土壤中有机质的含量。微生物菌剂不应该长期放置，应该随用随买；使用前应该存放阴凉干燥、通风处，避免受热、受潮以及阳光直射；肥料开口后应一次用完，否则会导致其他菌进入，污染肥料中的菌。微生物在正常的生长中释放***，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，终使产量提高。辽宁便宜微生物菌剂品质保障
由于常年累月的施加化肥，土壤的有机质不说消耗殆尽，也严重破坏、降低了土壤有机质的含量!海南正规微生物菌剂制造商
微生物菌剂不要与能够杀死有益菌的物质一同使用，菌剂因为里边含有大量的有益活菌，所以严禁与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些农药或者肥料中的物质会很容易造成菌的失活，导致其失去效果。如果要施用的话，应较少间隔48小时后再用。 微生物菌剂不能随意混合化肥施用。虽然菌可以与化肥、有机肥等混合施用，但是这并不意味着可以随意混合。当化肥中氮磷钾等元素的总含量超过7%时就会在很大程度上***菌的活性。所以化肥与菌肥混用时，我们建议随用随混。如果菌肥中的菌种对化肥有很好的耐受性，可以混合施用。海南正规微生物菌剂制造商
