除了直接利用稳定同位素标记秸秆进行实验外，还可将标记的秸秆烧制成生物质炭。有学者利用13C稳定性同位素标记的小麦秸秆制作成生物炭，研究了生物炭在不同土壤中的矿化速率差异。研究结果表明：生物炭添加到四种类型的土壤中室内培养368天后，生物炭碳在不同土壤中的矿化量存在差异，寒区水稻土中为15.6mgC/kg土（0.25%），红壤性水稻土中为14.2mgC/kg土（0.23%），黄淮海中为10.4mgC/kg土（0.17%），低肥力红壤性水稻土中为9.92mgC/kg土（0.16%）。生物炭碳矿化量与土壤全钾（r=0.679）以及全碳（r=0.584）含量均有的正相关关系。13C同位素标记秸秆可用于研究秸秆在土壤中的分解和矿化过程，以及秸秆作为饲料、肥料等时的转化效率。吉林水稻C13同位素标记秸秆技术的应用
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15N同位素标记生物炭研究生物炭中氮元素的生物有效性。生物炭是秸秆在无氧或缺氧条件下高温裂解形成的高含碳物质。生物炭也称为生物质炭（biochar），黑碳（blackcarbon）。生物炭中含有大量氮，其有效性深受关注。试验采用15N标记秸秆制成15N标记生物炭，生物炭中15N丰度为7.88%。研究结果表明生物炭中的氮在红壤中的有效性为0.67%，在下位砂姜土中为1.50%.生物炭处理中氮肥在红壤中的利用率为18.75%，在下位砂姜土中为33.77%，分别低于不施生物炭的24.32%和41.74%。定制C13N15稳定性同位素标记13C15N单标碳13氮62双标小麦玉米水稻选智融联,质量稳定可靠,规格种类齐全,质优价廉,期待与您合作.应用于农业生态系统服务评估，同位素标记秸秆显示生态价值。
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秸秆还田后在不同产量土壤中的降解效率一直未得到解决。因此有学者利用稳定同位素标记秸秆研究秸秆还田到不同肥力土壤中的固碳效果，并分析了秸秆还田对微生物群落结构的影响。该研究发现，在试验选择了高产土壤和低产土壤为供试土壤，秸秆添加后，高产土壤中的原有机质降解者被抑制而低产土壤中的被激发。高产土壤微生物碳利用效率高于低产土壤。高产土壤微生物群落对秸秆添加干扰的抵抗力和恢复力均高于低产土壤。与低产土壤相比，高产土壤中较高的秸秆降解者丰度以及较低的秸秆降解者群落组成变异，导致了高产土壤中较高的微生物群落稳定性。研究结果说明由于高产土壤拥有较高的微生物代谢效率以及群落稳定性，秸秆添加到肥沃的土壤中比添加到贫瘠的土壤中可能更有利于土壤碳的积累以及肥力的构建。吉林水稻C13同位素标记秸秆技术的应用
