有机肥一般是开沟下的，若开沟位置过于靠近主干，恐挖伤粗根，而这类根不像吸收根那么更迭较快，恢复起来需要较长的时间，果树可能因树势急剧衰退而亡；除去直接挖断粗根，开沟后未及时覆盖，使根系长时间暴露在外，同样会对树体不利。有机肥过量使用可能会导致烧根、土壤中磷、钾等养分大量集聚，造成土壤养分不平衡；土壤中硝酸根离子集聚，致使作物硝酸根盐超标，土壤溶液浓度高，不利于根系吸水等，终引起死树。施用有机肥时应注意与无机肥、生物菌肥等的配合使用，以满足作物对营养的需求与土壤营养的补充。任何一种合格的有机肥料的生产都必须经过堆肥·发酵过程。中国台湾湿地有机肥品质保障
土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，增加了土壤的供肥能力。生物有机肥中的枯草芽孢杆菌等有益微生物利用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其中含有大量的促生长类物质。如生长素，能促进植物伸长生长，脱落酸，能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，增加开花数、保果率，提高产量，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，达到增产增收。中国澳门原产地有机肥技术指导要确保农业绿色发展，加快推进农业绿色发展。
秸秆还田已经是普遍推广的增加土壤有机质的农业措施，秸秆有机质含量很高，接近90%，但绝大部分有机质都是纤维素。秸秆还田一二年后，经过土壤微生物腐解，其实**终能留在土壤中的有机质不会超过15%，绝大部分以二氧化碳的形式散失到空气中了。我国规定，商品生物有机肥料的有机质含量要大于40%。为什么是40%？而不是60%、80%？科学研究表明，一般有机原料经过腐熟后，有机质含量应该在35％-45％之间，过小，说明原料纯度不够，其中掺入了沙子、粘土等过多杂质，过大，说明腐熟不彻底。
畜禽粪便类有机肥料的有机质含量中等，氮、磷、钾等养分含量丰富，由于其来源***，使用量比较大。但由于其加工条件的不一样，其成品肥的有机质和氮、磷、钾养分差别，选购使用该类有机肥料时应注意其质量的判别。以纯畜禽粪便工厂化快速腐熟加工的有机肥料，其养分含量高，应少施，集中使用，一般做底肥使用，也可做追肥。含有大量杂质，采取自然堆腐加工的有机肥料，有机质和养分含量均较低，应做底肥使用，量可以加大。另外，畜禽粪便类有机肥料一定要经过灭菌处理，否则容易给作物和人、畜传染疾病。绿肥是经人工种植的一种肥地作物，有机质和养分含量均较丰富。但种植、翻压绿肥一定要注意茬口的安排，不要影响主要作物的生长。绿肥一般有固氮能力，应注意补充磷钾肥。垃圾类有机肥料的有机质和养分含量受原料的影响，很不稳定，每一批肥料的有机质和养分含量都不一样，一般含量不高，适宜做底肥使用。由于垃圾成分复杂，有时含有大量对人和作物极其有害的物质，如重金属、放射性物质等，使用垃圾肥时对加工肥料的垃圾来源要弄清楚，含有有害物质的垃圾肥严禁施用到蔬菜和粮食作物上，可用于人工绿地和绿化树木。有机肥料才是生产绿色食品的主要肥源。
现在人们非常希望吃到新鲜的有机水果，新鲜的有机疏菜，新鲜的有机食物。现在化肥农药使泛滥，有机农作物越来越少了。如何种出有机农作物，就要使用有机肥。什么是有机肥，就是人畜禽及其它动物的粪便和土杂肥。使用好这些有机肥要做好下面三点。***，发酵。新鲜的粪便里面有大量病菌，还有一些虫卵藏在里面，经过高温发酵，将杀死这些有害物质，促进小苗茁壮成长。第二用法。有机肥发醇好后，运往地里主要用于基肥使用，一定要深耕细作，这样利于农作物根系的吸收。第三，用量。有机肥虽然好但是也不要使用过量，如果使用过量会造成烧苗和死苗现象。一般每亩地使用发酸好的鸡粪和羊粪不能超过一千公斤。堆肥有机质的矿质化，为作物和微生物提供***养分，为微生物活动提供能源，为堆肥有机质的腐殖化准备原料。江苏功能性有机肥价格便宜
植物从土壤中摄取的各种养分可通过施用有机肥料和以植物残体形式回归土壤。中国台湾湿地有机肥品质保障
有机肥料是指主要来源于植物和动物，经过发酵腐熟的含碳有机物料，其功能是改善土壤肥力、提供植物营养、提高作物品质。有机肥原料来源包括农业废弃物：秸秆、豆粕、棉粕、果蔬残余等；畜禽粪污：鸡粪、牛羊马粪、兔粪、鸟粪等；沼液和残渣；海洋养殖业废弃物；泥炭；绿肥；有机肥料中各种营养元素比较完全，而且这些物质完全是无毒、无害、无污染的自然物质，这就为生产高产、质量、无污染的绿色食品提供了必须条件。前面说的腐殖酸物质，可以减轻重金属离子对植物的危害，也就相当于减少了重金属对人体的危害。中国台湾湿地有机肥品质保障
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