一套完整的水冷系统包含冷却液泵、节温器（三通阀）、散热器、冷却风扇、膨胀水箱、去离子器、管路及传感器等。冷却液泵提供循环动力；节温器根据冷却液温度调节流经散热器与旁通回路的水量，实现快速暖机与精确温控；散热器与风扇共同负责X终的散热量；去离子器则用于维持冷却液的高电阻率，防止漏电。冷却液自电堆出口流出，温度升高。温度传感器将信号传至控制器，控制器根据设定温度调节节温器开度、冷却风扇转速甚至水泵转速。大部分高温冷却液被导向散热器降温，小部分可通过旁通回路维持温度。降温后的冷却液与旁通液混合后，经水泵再次泵入电堆，完成循环。整个流程实现了对电堆温度的闭环精确控制。商业综合体备用燃料电池系统，水冷系统与空调联动，余热可辅助调节室内温度。上海交通领域燃料电池系统供应商
西南某山区扶贫车间部署 120kW 离网燃料电池系统，采用低成本风冷设计，降低扶贫项目投入。风冷模块选用性价比高的标准化部件，采购成本较定制化系统降低 20%；同时，系统安装无需专业施工队，当地村民经培训即可参与，进一步降低安装成本。该系统为扶贫车间的农产品加工设备供电，帮助村民实现就地就业，单次储氢可支持车间连续生产 8 小时，年运维成本只 1 万元，较电网供电节省电费 3 万元，目前已在贵州、四川等地多个扶贫车间推广。实际运行中，系统单日供电 16 小时，其中 80% 电力用于民宿日常用电，20% 供景区导览设备，单次储氢可支持连续供电 24 小时，完全满足民宿集群停电应急需求。山东重卡燃料电池系统安装调试农业大棚的燃料电池系统，风冷系统为温控设备供电，保障作物生长环境。
燃料电池系统自身无内燃机的爆震噪声，但辅助部件如空气压缩机、氢气循环泵、冷却水泵和风扇是主要噪声与振动源。通过选用低噪声部件、优化流道设计、增加减振隔音材料、优化控制策略（如平滑转速变化）等手段，可以有效降低系统噪声，提升乘坐或使用舒适度。是保障燃料电池系统长期可靠运行、建立市场信心的必要环节。随着技术进步，燃料电池系统正朝着更高功率密度、更紧凑集成的方向发展。通过模块化设计、部件多功能集成（如将氢气循环泵与加湿器集成）、流道优化、新材料应用（如石墨复合材料双极板）等方式，在保持或提升性能的同时，不断缩小系统体积和重量，拓展其应用边界。目前，燃料电池系统的成本仍是规模化推广的主要障碍之一。
风冷燃料电池系统通常采用空气作为冷却介质，直接利用风扇驱动空气流经电堆的散热翅片或自用冷却流道来带走热量。这种系统省去了自行的水循环管路、水泵、散热器等部件，因此具有结构简单、重量轻、成本低、低温环境下不易冻结、维护便捷等明显优点。燃料电池在工作时，X有约40-50%的化学能转化为电能，其余大部分以热能形式释放。系统通常配备氢气循环泵或引射器。在风冷系统中，冷却空气通常由专门的风扇或鼓风机提供。电堆的双极板设计有特殊的空气流道或集成散热翅片。风扇根据电堆温度和功率需求调整转速，控制冷却空气的流量。热空气被直接排到环境中。系统结构紧凑，常与空气供应系统进行一定程度的集成设计，以进一步简化布局。50%的化学能转化为电能，其余大部分以热能形式释放。系统通常配备氢气循环泵或引射器。城市公交的燃料电池系统，风冷系统经过防尘改造，适应市区道路的粉尘环境。
随着燃料电池技术的不断进步，系统集成度与功率密度持续提升，小型化与轻量化成为明确的发展趋势。这要求各个子系统在保证性能的前提下，尽可能地减少体积与重量。实现途径包括开发高功率密度的电堆，使用更薄、更强的质子交换膜与气体扩散层，优化双极板流场设计以减少尺寸，采用新材料如薄型金属双极板。辅助部件的集成化也是一个重要方向，例如将空气压缩机与电机控制器集成在一起，将氢气循环泵与引射器结合设计，将多个传感器与阀门集成在统一的模块上。此外，简化管路布局、使用更轻的复合材料箱体，以及优化热管理系统散热器的紧凑设计，都在为系统减重缩体积做出贡献。这些努力使得燃料电池系统能够被安装在空间受限的车辆平台上，有助于提升车辆的续航里程与整体性能。微型燃料电池系统多采用风冷系统，适配车载小功率设备，安装灵活且维护简便。新疆离网发电燃料电池系统区域示范项目
大型固定式燃料电池系统常用水冷系统，可快速带走高负荷运行产生的热量，保障效率。上海交通领域燃料电池系统供应商
电堆是燃料电池系统的“心脏”，由数百个重复的单电池通过双极板串联堆叠而成。每个单电池包含膜电极组件（MEA）和两侧的双极板。膜电极组件是发生电化学反应的场所，由质子交换膜、催化剂层和气体扩散层构成。双极板则负责均匀分配反应气体、收集电流、传导热量并分隔相邻单电池的反应气体与冷却介质。电堆是燃料电池系统的“心脏”，由数百个重复的单电池通过双极板串联堆叠而成。空气供应系统负责为电堆阴极提供适量、洁净、具备一定压力和湿度的氧气。上海交通领域燃料电池系统供应商
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