从细胞中释放AAV载体的基本机械技术是反复冷冻/解冻，然后是低速离心步骤然而，但是这种技术很难放大生产。机械均质，如法式压滤，是另一种裂解方法，在这种方法中，细胞膜在高压剪切力作用下发生破裂。虽然这种方法是可放大的，但是由于剪切应力引起的聚集和沉淀，往往会导致产品损失。而化学裂解方式，例如Triton X-100在病毒载体纯化过程有较高的总收率，而且易于放大。但是也有其局限性。研究表明，Triton X-100造成了一些急性口服毒性、眼睛损伤、皮肤刺激和慢性水生毒性。因此，该去垢剂在2016年被欧洲化学品管理局（European Chemicals Agency）被列为需要高度关注的物质。在生物制品生产，如AAV载体及腺病毒载体疫苗生产中，宿主细胞DNA残留是关键质量参数之一。甘肃基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
Mayer等（2023）以measles virus(麻疹病毒，MV)为例，评估了四种不同核酸酶（BenzonaseTM、DeneraseTM、M-SAN HQ中盐核酸酶及SAN HQ高盐核酸酶）对于染色质DNA去除的效果。Vero细胞通过微载体贴壁培养来生产麻疹病毒MV，72hr后收获上清液，使用3µm cellulose filter(Sartorius)过滤后分装多份，置于-80℃保存便于后续使用。在解冻后的上清中调节对应盐浓度，并加入50 U/ml核酸酶，37℃孵育2hr进行消化，消化后留样；将消化后上清液过Capto Core 700 (Cytiva)柱子，收集流穿液，之后洗杂、洗脱，并分别留样。通过SDS-PAGE分析发现，相比Benzonase等传统核酸酶，在生理盐条件下M-SAN HQ中盐核酸酶更高效将染色质DNA剪切成更小片段，甚至将核小体DNA剪切更彻底。江西高盐核酸酶70921-160SAN HQ高盐核酸酶的生产用原辅料是Non-animal和Non-plant来源的。
离子交换层析 (IEC) 是一种简单、通用且经济高效的技术，已成为许多载体纯化的关键步骤。IEC分为阴离子/阳离子交换柱，其中AEC（Anion-exchange chromatography）适用于AAV纯化，是大规模AAV生产中去除空衣壳的主要手段。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点。空衣壳PI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒PI大致为5.9。AAV与基质之间的静电相互作用正是取决于衣壳的等电点(pI)和缓冲液的pH值。基于这一原理在正电荷固定相上进行样品的分离纯化，去除杂质（如空衣壳和部分衣壳），并有效地回收目的载体。
宿主细胞DNA（HCD）残留以染色质形式存在，其中有带负电荷的DNA、带正电荷及疏水区段的组蛋白，就像胶带一样能够吸附很多物质，包括各种杂蛋白、色谱填料、目的病毒颗粒。非特异吸附杂蛋白，会影响蛋白杂质（如HCP）等的去除；吸附到色谱填料上，会降低色谱分离纯化效率；吸附到目的病毒颗粒时，会影响目的产物的稳定性，从而降低目的产物的得率。因此，从生产工艺层面来讲，一定要去除HCD，从而能够简化工艺、提高目的产物的产量。ArcticZymes所有产品的开发、生产及销售等都符合ISO13485:2016质量管理体系标准。
综合腺相关病毒AAV制备的三个工艺阶段介绍，可以看出下游处理可以占病毒生产总成本的很大一部分，而且难度也是非常大，尤其是纯化过程。原因之一是由于有超过100种不同血清型的变体AAV衣壳，不同血清型的AAV蛋白存在差异。因此，各种血清型的表面特性增加AAV纯化难度。原因之二是：针对工艺和产品相关的杂质（包括宿主细胞物质，DNA和空衣壳），缺乏一个有效和可重复的平台方法，尤其是来从空衣壳中分离出完整的衣壳。为了解决以上问题，国内外大的药企公司都致力于纯化新产品的开发，以期达到：（1）实现病毒颗粒的分离（2）减少产品相关杂质（3）保持效力和产量的目标。SAN HQ GMP是全球shou款市售GMP级别高盐核酸酶，于2023年Q4上市。甘肃基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
SAN HQ高盐核酸酶在高盐浓度下活性更适，DNA去除效率更高。甘肃基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
ArcticZymes Technologies于2017年推出了SAN HQ高盐核酸酶及其对应的SAN HQ ELISA kit。该试剂盒原理是采用双抗夹心法定量检测各种生物制品的中间品、半成品和成品中SAN HQ高盐核酸酶的残留含量，特异性的anti-SAN作为捕获抗体偶联在96-well plate，生物素Biotin标记anti-SAN作为检测抗体，链霉亲和素-HRP偶联物起到信号放大作用，TMB是终反应底物。该试剂盒特异识别SAN HQ高盐核酸酶，对其它核酸酶没有特异性结合。它的定量范围是0.4-25.6ng/ml，检测精确度高RSD<=15%，2-8℃条件下保存12个月。甘肃基因药物生产用高盐核酸酶70921-202
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