细胞基因药物领域的进展使得对高质量基因转移技术的需求急剧增加，包括高质量慢病毒载体(LV)的大规模生产。宿主细胞DNA残留（HCD）是一类主要的工艺相关杂质，对下游纯化带来很大挑战。根据相关法规要求，需要去除HCD才能达到临床级LV。HCD去除是通过核酸酶处理联合下游工艺（DSP）共同实现的。文章作者研究了两款核酸酶M-SAN HQ中盐核酸酶(ArcticZymes Technologies)和Benzonase(Merck)对HCD去除效率的差别，其下游工艺包含过滤澄清及TFF超滤。M-SAN HQ中盐核酸酶生产符合ISO 13485:2016规范，提供相关文件用于申报。湖北生理盐条件中盐核酸酶70950-160
文章作者按照经典的慢病毒载体生产流程操作，在融化、核酸酶消化、澄清、超滤等步骤留样，分别检测dsDNA浓度及功能性LV病毒滴度。经过分析发现，——去除主要发生在澄清环节，能去除dsDNA的80%-90%；2. M-SAN HQ中盐核酸酶比Benzonase能更高效去除dsDNA，即M-SAN HQ组的TFF回流液中dsDNA残留量是Benzonase组回流液的20%左右；3. LV病毒滴度在澄清环节损失30%-40%；4. M-SAN HQ组的TFF回流液中LV病毒滴度略高于Benzonase组的回流液数据。青海等渗条件中盐核酸酶相比全能核酸酶，M-SAN HQ中盐核酸酶能将HCD酶切成更小片段，破坏核小体结构。
Mayer等（2023）以measles virus(麻疹病毒，MV)为例，评估了四种不同核酸酶（BenzonaseTM、DeneraseTM、M-SAN HQ中盐核酸酶及SAN HQ高盐核酸酶）对于染色质DNA去除的效果。Vero细胞通过微载体贴壁培养来生产麻疹病毒MV，72hr后收获上清液，使用3µm cellulose filter(Sartorius)过滤后分装多份，置于-80℃保存便于后续使用。在解冻后的上清中调节对应盐浓度，并加入50 U/ml核酸酶，37℃孵育2hr进行消化，消化后留样；将消化后上清液过Capto Core 700 (Cytiva)柱子，收集流穿液，之后洗杂、洗脱，并分别留样。通过SDS-PAGE分析发现，相比Benzonase等传统核酸酶，在生理盐条件下M-SAN HQ中盐核酸酶更高效将染色质DNA剪切成更小片段，甚至将核小体DNA剪切更彻底。
除了获得载体的滴度及产量，生产慢病毒更关心的指标主要是各种污染物的去除。总DNA污染的去除百分比在99.1-99.84%，总蛋白污染物的去除百分比在99.85-99.9%。针对宿主细胞的DNA（HCD）及蛋白（HCP），有报道其去除百分比分别为99.8%和99.4%。因为不仅残存的DNA可能是个问题，而且DNA的大小以及由此引起的可能转移整个有功能的开放阅读框也是问题，因此监管机构对残存DNA污染的分子量上限的要求越来越高。例如，FDA的指南‘生产用于传染病适应症的病毒疫苗的细胞基质和其他生物材料的特性和鉴定’中说明，残留的细胞宿主的DNA片段不能超过一个功能基因的长度，估计在200bp左右。在150mM NaCl条件下，M-SAN HQ中盐核酸酶的酶切活性达到常规核酸酶的5倍左右。
大规模生产阶段，AAV/LV载体生产流程跟抗体、疫苗类药物的生产类似，主要包含上游培养、下游纯化及制剂部分。上游培养分为质粒开发、细胞扩增、三质粒共转染及病毒载体生产等步骤。下游纯化分为细胞裂解释放AAV病毒颗粒（可以通过去污剂、机械作用、高渗或冻融操作等）or收获细胞上清液得到含LV病毒原液、加入核酸酶以减少宿主细胞核酸污染、澄清是通过离心或过滤等方法去除细胞碎片和杂质等、超滤浓缩以减少后续色谱纯化体系、亲合及离子交换等纯化得到高纯度病毒载体。制剂部分主要是超滤更换缓冲液、过滤除菌及制剂灌装等。M-SAN HQ中盐核酸酶用在生产工艺流程中，在生理盐条件下去除双链及单链的DNA及RNA。青海上海倍笃生物中盐核酸酶
US FDA指南要求：重组biologics终产品中，核酸杂质含量低于10ng/dose。湖北生理盐条件中盐核酸酶70950-160
残留的宿主DNA是生产中产生的杂质，其存在潜在的致瘤性、传染性和免疫原性等风险。相关研究表明，基因的大小普遍在200bp以上，因此大于200bp有可能会有一定的致病性，而且残留DNA片段越大，生物制品的风险等级越高。因此，各国监管机构对其提出了严格要求。美国食品药品监督管理局（FDA）在《关于人类基因zhiliao新产品生产指导文件》中明确指出HCD的片段要小于200bp。2022年5月，国家药品监督管理局药品评审中心（CDE）发布的《体内基因药物产品药学研究与评价技术指导原则（试行）》中也明确指出需对DNA残留量和残留片段大小进行控制，建议尽量将DNA残留片段的大小控制在200bp以下。湖北生理盐条件中盐核酸酶70950-160
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