离子交换层析 (IEC) 是一种简单、通用且经济高效的技术，已成为许多载体纯化的关键步骤。IEC分为阴离子/阳离子交换柱，其中AEC（Anion-exchange chromatography）适用于AAV纯化，是大规模AAV生产中去除空衣壳的主要手段。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点。空衣壳PI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒PI大致为5.9。AAV与基质之间的静电相互作用正是取决于衣壳的等电点(pI)和缓冲液的pH值。基于这一原理在正电荷固定相上进行样品的分离纯化，去除杂质（如空衣壳和部分衣壳），并有效地回收目的载体。在生物制品生产，如AAV载体及腺病毒载体疫苗生产中，宿主细胞DNA残留是关键质量参数之一。甘肃高盐条件高盐核酸酶70921-202
在生物工艺流程中，需要使用核酸酶去除终产品中的核酸污染，而核酸酶作为外源成份，也需要在生产流程中去除。核酸酶去除工艺包括热灭活法、酶抑制剂、离子交换和亲合层析法等。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点，——空衣壳pI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒pI大致为5.9。而来自于S.marcescens的全能核酸酶pI 6.85左右，SAN HQ高盐核酸酶pI 9.6左右。因此，在同样的条件下，从AAV溶液中去除SAN HQ高盐核酸酶比去除Benzonase全能核酸酶更容易、更彻底。云南上海倍笃生物高盐核酸酶SAN HQ高盐核酸酶的改善效果与血清型无关。
在不同的盐浓度条件下，AAV病毒载体的存在形式不同。低盐浓度条件下，AAV病毒颗粒表面会通过电荷作用等非特异结合到HCD上，从而产生病毒颗粒团聚现象。随着溶液盐浓度上升，AAV病毒颗粒与HCD的离子相互作用会被破坏，AAV病毒颗粒会逐渐解离。当盐浓度升到更高范围（>400mM左右），AAV病毒颗粒与HCD的结合更弱，AAV颗粒更稳定。因此，在高盐浓度溶液中，AAV颗粒更加稳定，且有数据表明高盐浓度不会削弱AAV的侵染能力。所以，我们推荐提高AAV病毒生产中的盐浓度。
Mayer等（2023）以measles virus(麻疹病毒，MV)为例，评估了四种不同核酸酶（BenzonaseTM、DeneraseTM、M-SAN HQ中盐核酸酶及SAN HQ高盐核酸酶）对于染色质DNA去除的效果。Vero细胞通过微载体贴壁培养来生产麻疹病毒MV，72hr后收获上清液，使用3µm cellulose filter(Sartorius)过滤后分装多份，置于-80℃保存便于后续使用。在解冻后的上清中调节对应盐浓度，并加入50 U/ml核酸酶，37℃孵育2hr进行消化，消化后留样；将消化后上清液过Capto Core 700 (Cytiva)柱子，收集流穿液，之后洗杂、洗脱，并分别留样。通过SDS-PAGE分析发现，相比Benzonase等传统核酸酶，在生理盐条件下M-SAN HQ中盐核酸酶更高效将染色质DNA剪切成更小片段，甚至将核小体DNA剪切更彻底。高盐浓度能够减少目标产物聚集、增加目标产物溶解度及提高目标产物产量。
从国内来看，由于 AAV 基因药物研发管线绝大部分集中在眼科遗传病上，载体用量较小，三质粒共转染 AAV 系统足以满足未来的临床及商业需求，因此，国内的 AAV 生产系统主要以三质粒为主。然而，考虑到未来 AAV 基因药物在血液、神经系统、肌肉系统等领域的临床应用，三质粒系统显然难以胜任。如药明生基从国外收购了 OXGENE 的辅助腺病毒 AAV 生产系统 TESSA，据报道较三质粒系统有10倍的提升；而基因药物 CDMO 企业北京五加和基因则在国内率先采用了陈海峰博士的威洛克公司授权的Bac-to-AAV 系统，凭借公司在病毒载体领域持续30年的研发经验，不断摸索、试验，终于在临床级生产方面获得了巨大的成功，为 AAV 基因药物管线研发公司锦篮基因进行多批次临床 CDMO 代工生产。SAN HQ高盐核酸酶是一种新型的、耐高盐的工程化内切酶；吉林高盐条件高盐核酸酶70921-202
高盐能够抑制AAV病毒载体聚集，提高AAV病毒载体产量。甘肃高盐条件高盐核酸酶70921-202
大规模生产阶段，AAV/LV载体生产流程跟抗体、疫苗类药物的生产类似，主要包含上游培养、下游纯化及制剂部分。上游培养分为质粒开发、细胞扩增、三质粒共转染及病毒载体生产等步骤。下游纯化分为细胞裂解释放AAV病毒颗粒（可以通过去污剂、机械作用、高渗或冻融操作等）or收获细胞上清液得到含LV病毒原液、加入核酸酶以减少宿主细胞核酸污染、澄清是通过离心或过滤等方法去除细胞碎片和杂质等、超滤浓缩以减少后续色谱纯化体系、亲合及离子交换等纯化得到高纯度病毒载体。制剂部分主要是超滤更换缓冲液、过滤除菌及制剂灌装等。甘肃高盐条件高盐核酸酶70921-202
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