与IdeS不同，融合蛋白是通过将两种或多种蛋白质或肽的功能组合成一个量身定制的分子来创造的，以专门应对挑战。连接此类蛋白质或肽结构域的常见方法是包含柔性连接子。这些连接子通常富含甘氨酸，例如甘氨酸残基（G），或甘氨酸残基散布丝氨酸残基（GS）以形成重复序列。这为连接子提供了足够的灵活性，不会干扰连接蛋白质结构域的功能。然而，这些新模式带来了新的分析挑战，需要新的工具来促进表征和产品质量监测。中级分析已成为分析单克隆抗体疗法的标准方法，涉及将分子消化成几个定义的亚基。它们足够小，可以获得高质量的质谱图，并为产品质量属性提供特定领域的信息。由于G和GS连接子对常见蛋白酶的降解具有抗性，因此很难分离结构域以进行深入分析。因此，Genovis开发了GlySERIAS，不同于IdeS酶，一种消化柔性富含甘氨酸的连接子的酶。GlySERIAS可以分离不同的功能域，并实现对融合蛋白、多特异性抗体和含有富含甘氨酸的连接子的各种mAb片段进行详细表征的中级方法。剩下一个连接子残基（甘氨酸残基），这有助于识别位于Fc区域的修饰。江苏GlySERIASIdeS蛋白酶蛋白组学
其他基于 IgG 的生物制药需要仔细表征和监测关键质量属性，例如氧化、糖基化和其他翻译后修饰。与抗体的克隆选择、工艺开发和稳定性研究相关的大量样品通常通过液相色谱质谱 （LC-MS） 进行分析。然而，在LC-MS之前进行足够规模的样品制备通常具有挑战性。为了解决样品制备的挑战，Genovis将半胱氨酸蛋白酶FabRICATOR（IdeS）固定在磁性琼脂糖珠上，现在称为FabRICATOR MagIC。FabRICATOR固定在磁珠上，可同时快速自动消化多种抗体，促进中级表征工作流程。Genovis的FabRICATOR MagIC 如何以较少的用户交互减少实验和操作时间，降低样品处理错误的风险，同时提高通量。FabALACTICAIdeS蛋白酶抗体酶切为了分别研究度拉糖肽的肽和 Fc 区域，从而鉴定结构域特异性 PTM。
与IdeS不同，Genovis的IgMBRAZOR是一种独特的IgM特异性蛋白酶，可在重链中CH2结构域下方的一个特定位点消化人IgM，产生均质的F（ab'）2和Fc片段。该酶能够对复杂和高分子量的人IgM进行中级分析，从而促进疫苗、zhiliao和诊断等过程中的IgM表征。独特-可实现IgM的中级表征和质量控制；快速–在30分钟内生成均匀的F（ab'）2和Fc片段；高度特异性–人IgM重链中的一个消化位点。IgMBRAZOR是一种独特的IgM特异性酶，可在重链中CH2结构域下方的一个特定位点消化人IgM，产生F（ab'）2和Fc片段。消化在30分钟内完成，并且由于酶的特异性，如果孵育时间延长，则不存在过度消化的风险。该酶在pH值为5.5至9.0时具有活性，不需要还原条件或辅助因子即可发挥活性。良好的活性是在37°C下，但也可以在室温下使用增加孵育时间进行消化。IgMBRAZOR在大肠杆菌中表达。该酶含有His标签，分子量为38kDa。
与IdeS不同，Romiplostim 由四个相同的血小板生成素 （TPO） 受体结合肽和一个 Fc 片段组成，通过柔性聚甘氨酸序列连接在一起。与度拉糖肽类似，用 Genovis的GlySERIAS Immobilized 在 37°C 下过夜，或用 GlySERIAS 冻干 1 小时并在 37°C 下过夜消化该蛋白质。 链间二硫键被还原，以便于通过反相LC-MS进行以下分析。与度拉糖肽的观察结果类似，用固定化酶消化产生均质的 Fc/2，剩下一个连接子残基，此处为甘氨酸残基。这有助于识别专门位于Fc区域的修改。用冻干酶消化 1 小时得到 Fc/2，剩余 4 个甘氨酸残基和少量的 Fc/2 仍与一个 TPO 肽连接。另一方面，这使得研究 Fc/2 和第yi个肽之间的连接区域成为可能，而不会受到第二个肽的干扰。用 GlySERIAS 冻干液过夜消化产生 2 个 Fc/2 变体，分别剩下 4 个和 1 个甘氨酸残基。根据消化时间的不同，使用冻干产物释放的肽以五或七种变体存在，接头中残留的甘氨酸残基数量不同，而使用固定化产物释放的肽以四种变体存在。FabRICATOR Magic自动平行抗体酶切和亚基生成,用于处理与克隆选择。
与肽图谱相比，根据Genovis科学家的经验，尤其是对于像抗体这样的分子，许多人在常规实验中做了太多的肽图谱，而中级水平（Middle-level）的方法可以很好地工作。中级方法（IdeS酶切抗体）需要更少的实际操作步骤和较少的示例处理，所有这些都意味着过程中出错的事情更少。我们的许多酶可以作为平台方法，同样的方法适用于绝大多数的抗体，这不是肽图的情况下，可能需要优化整个样品制备，LC分离，质谱设置和数据分析的每个不同的抗体分析。这些变化可能是很小的，但没有一种适用于所有肽图的方法。由于分析和数据分析的简单性，中级方法非常适合自动化和高通量的工作流程。肽图当然可以自动用于样品制备，但高通量肽图生成大量数据，仍然需要彻底分析。事实上，肽图谱是一个多步骤的过程，每一个步骤都可能破坏方法，并可能导致破坏蛋白质的人工制品，很难交叉训练给非专业人员。中级水平的方法很容易交叉训练，我们的方法在质量控制实验室中被成功地使用。肽图谱是一种用于修饰分析和氨基酸确认的方法，但一旦完成了这一工作，我相信使用中级分析可以成功地更有效地完成抗体样本的大部分工作。三个柔性 GS 连接子均被切开，这有助于识别Fc区域的修饰。陕西GlySERIASIdeS蛋白酶蛋白组学
中级分析已成为分析单克隆抗体疗法的标准方法，并为产品质量属性提供特定领域的信息。江苏GlySERIASIdeS蛋白酶蛋白组学
与IdeS不同，Genovis的GingisREX（RgpB）是一种精氨酸特异性蛋白酶，可消化精氨酸残基的C末端蛋白质，包括难以与其他酶消化的Arg-Pro键。该酶可用于肽图分析、从头肽测序和翻译后修饰分析。精氨酸残基的特异性C-末端消化；在其他困难的精氨酸-脯氨酸序列中可靠消化；产生更长的肽-提高序列覆盖率。GingisREX是一种半胱氨酸蛋白酶，可特异性地消化肽键C末端到精氨酸残基，包括与脯氨酸相连的精氨酸。半胱氨酸是酶活性所必需的。与胰蛋白酶消化相比，可生成更长的肽，胰蛋白酶消化可以通过高分辨率质谱进行分离和鉴定。这为自下而上方法的样品制备提供了更多选择，以实现替代的酶解曲线和更高的序列覆盖率。GingisREX在赖氨酸上没有活性，通常使用Arg-C观察到。该酶在5.0-9.0的宽pH值范围内具有活性，它需要半胱氨酸并被盐酸胍抑制。该酶是从牙龈卟啉单胞菌中纯化的。江苏GlySERIASIdeS蛋白酶蛋白组学
