北京FabALACTICAIdeS蛋白酶蛋白组学

与IdeS不同，Romiplostim 由四个相同的血小板生成素 （TPO） 受体结合肽和一个 Fc 片段组成，通过柔性聚甘氨酸序列连接在一起。与度拉糖肽类似，用 Genovis的GlySERIAS Immobilized 在 37°C 下过夜，或用 GlySERIAS 冻干 1 小时并在 37°C 下过夜消化该蛋白质。 链间二硫键被还原，以便于通过反相LC-MS进行以下分析。与度拉糖肽的观察结果类似，用固定化酶消化产生均质的 Fc/2，剩下一个连接子残基，此处为甘氨酸残基。这有助于识别专门位于Fc区域的修改。用冻干酶消化 1 小时得到 Fc/2，剩余 4 个甘氨酸残基和少量的 Fc/2 仍与一个 TPO 肽连接。另一方面，这使得研究 Fc/2 和第yi个肽之间的连接区域成为可能，而不会受到第二个肽的干扰。用 GlySERIAS 冻干液过夜消化产生 2 个 Fc/2 变体，分别剩下 4 个和 1 个甘氨酸残基。根据消化时间的不同，使用冻干产物释放的肽以五或七种变体存在，接头中残留的甘氨酸残基数量不同，而使用固定化产物释放的肽以四种变体存在。孵育时间为过夜（16-18小时），并且由于酶的特异性，没有过度消化的风险。北京FabALACTICAIdeS蛋白酶蛋白组学

不同于IdeS，Genovis的FabDELLO 是一种蛋白酶，可在铰链上方的单个位点消化人 IgG1，在两小时内产生完整的 Fab 和 Fc 片段，无需还原条件。该酶对具有突变铰链区域的抗体（如 LALA 突变）具有活性，并启用中级 LC-MS 来表征具有突变铰链的抗体的关键质量属性。FabDELLO 在铰链上方的单个位点消化人 IgG1 （...KSCDK / THTCPPCP...），生成完整的 Fab 和 Fc 片段。FabDELLO 是一种赖氨酸特异性蛋白酶。单个消化位点是人 IgG1 的三维结构的结果，使这种赖氨酸暴露于酶中。如果去除N-聚糖，则Fc上暴露的赖氨酸处可能会出现额外的消化位点。FabDELLO在天然条件下具有活性，需要钙离子的存在。在37°C和pH 7-8.5下获得良好活性。FabDELLO 是从 Bdellovibrio 细菌克隆而来的，并在大肠杆菌中表达。该酶含有 His 标签，分子量为 32 kDa。上海FabULOUSIdeS蛋白酶蛋白组学通过将酶偶联到树脂上，可以增加酶与蛋白质的比率，从而可以进一步加速反应，以获得更完整的蛋白质的消化。

在Genovis，我们的策略是帮助客户进行中级（或亚基）分析，这是我们的工作，特别是我们的蛋白质酶切产品。完整质量和肽图谱是蛋白质表征的常用方法，我们发现，与简单但信息有限的完整质量和高度复杂但信息丰富的肽图谱相比，中级方法具有优势。通过执行中级描述，您可以生成从完整的质量实验中获得的所有信息，具有额外的优势。在对抗体进行完整质量分析时，很难明确地识别某些修饰。质谱仪器正在改进，可以更有效地分析更大的分子，但通过使用我们的SmartEnzymes，如IdeS，可以将抗体分解成更小的片段，这提高了这些实验可以执行的分辨率，因此，增加了鉴定修饰的信心。此外，你不仅能够更好地识别修改，而且你能够将它们定位到蛋白质上的单个结构域，这是你在完整水平上无法做到的。

与IdeS不同，为了获得更均匀的度拉糖肽融合蛋白的消化产物，用Genovis的GlySERIAS固定化蛋白质消化该蛋白质，该蛋白由与琼脂糖珠共价偶联的GlySERIAS酶组成。通过将酶偶联到树脂上，可以增加酶与蛋白质的比率，从而可以进一步加速反应，以获得更完整的连接子消化。此外，该酶不会存在于样品制备中，可能会干扰样品分析。为了进行比较，度拉糖肽在37°C下用GlySERIAS固定化过夜，或用GlySERIAS冻干1小时并在37°C下过夜消化。 为了降低样品复杂性，使用内切糖苷酶GlycINATOR冻干去除Fc聚糖，并减少链间二硫键。通过反相LC-MS对样品的分析表明，GlySERIAS Immobilized几乎完全消化了Fc结构域中的连接子，留下了接近均质的Fc/2产物，其中含有来自连接子的一个丝氨酸残基。用 GlySERIAS 冻干 1 小时或过夜消化，两者都会产生几种 Fc 产物，并附着不同数量的丝氨酸和甘氨酸残基。GLP-1肽在所有三个样品中以两种变体存在。使用GlySERIAS固定化消化的均质Fc/2能够详细研究特定于Fc区域的质量属性。此外，在样品中未观察到干扰分析的酶峰。作为补充，Fc/2 产物在用 GlySERIAS 冻干消化后残留部分连接子，有助于研究位于 GS 连接子的修饰。使用GlySERIAS固定化酶和内切糖苷酶GlycINATOR消化度拉糖肽。

样品制备的条件可能会在样品中诱发伪影，因此需要避免高温和碱性pH值进行质谱分析。如果可能的话，避免多个步骤并在一锅反应中进行消化和还原也可能是有益的。与IdeS不同，为了探索Genovis的GingisREX对离液剂和去液剂的稳定性和耐受性，在一系列试剂中测试了酶活性，并使用底物测定进行了评估。数据显示，GingisREX在6M时耐受尿素，吐温高达1%，但活性在0.1%时受到SDC的负面影响。该酶在 pH 值范围为 5.0 至 9.0 时显示出活性，在 pH 值为 6.5-8.0 之间。综上所述，GingisREX可用于一锅反应，以同时消化和变性6M尿素。与Genovis的IdeS不同，双特异性 T 细胞接合器 （BiTE） 分子是一种融合蛋白疗法，其中两个 scFv 融合，形成一个双特异性分子，其中一个 scFv 靶向细胞毒性 T 细胞，另一个靶向Ai症抗原。该蛋白质由四个蛋白质结构域组成，两个 scFv 均由 VL 和 VH 区域组成，总共由三个柔性 GS 连接子连接。这种蛋白质的大尺寸（54 kDa）可能对通过完整质谱法进行产品质量监测构成挑战，因为标准MS仪器可能无法提供蛋白质的单同位素分辨率。Genovis的FabRICATOR Fab2 （IdeS蛋白酶）试剂盒可消化兔 IgG。天津IdeS蛋白酶蛋白组学

Genovis的IgASAP 是 IgA 消化酶家族。IgASAP Sub1 是一种 IgA1 特异性酶。北京FabALACTICAIdeS蛋白酶蛋白组学

与肽图谱相比，根据Genovis科学家的经验，尤其是对于像抗体这样的分子，许多人在常规实验中做了太多的肽图谱，而中级水平（Middle-level）的方法可以很好地工作。中级方法（IdeS酶切抗体）需要更少的实际操作步骤和较少的示例处理，所有这些都意味着过程中出错的事情更少。我们的许多酶可以作为平台方法，同样的方法适用于绝大多数的抗体，这不是肽图的情况下，可能需要优化整个样品制备，LC分离，质谱设置和数据分析的每个不同的抗体分析。这些变化可能是很小的，但没有一种适用于所有肽图的方法。由于分析和数据分析的简单性，中级方法非常适合自动化和高通量的工作流程。肽图当然可以自动用于样品制备，但高通量肽图生成大量数据，仍然需要彻底分析。事实上，肽图谱是一个多步骤的过程，每一个步骤都可能破坏方法，并可能导致破坏蛋白质的人工制品，很难交叉训练给非专业人员。中级水平的方法很容易交叉训练，我们的方法在质量控制实验室中被成功地使用。肽图谱是一种用于修饰分析和氨基酸确认的方法，但一旦完成了这一工作，我相信使用中级分析可以成功地更有效地完成抗体样本的大部分工作。北京FabALACTICAIdeS蛋白酶蛋白组学