蛋白酶用于生成肽，用于质谱分析蛋白质。这些应用包括蛋白质组学和生物制药的深度表征。由于遗漏了切割和样品制备诱导的伪影，传统的蛋白酶并不总是理想的，因此需要具有不同特异性的蛋白酶工具箱。Genovis的GingisREX 是一种精氨酸特异性蛋白酶，可将蛋白质 C 末端消化为精氨酸残基。与胰蛋白酶肽相比，所得肽更长，并可能导致序列覆盖率增加。质谱分析中蛋白酶的特异性对于获得高质量的数据集和避免复杂的数据解释至关重要。作为模型底物，使用胰岛素氧化β链来比较 GingisREX 和 ArgC 的酶特异性。胰岛素氧化β链含有一个精氨酸和一个赖氨酸残基。在RP-HPLC和质谱法上分析GingisREX和ArgC的酶切肽。GingisREX在赖氨酸残基上没有酶活性或其他额外活性，即使在长时间孵育过夜后，酶与底物的比例也很高（1：5）。然而，ArgC在精氨酸残基上显示出主要活性，但在赖氨酸残基上也可以看到酶消化。在酶与底物的比例为 1：20 和过夜孵育下，证明了 ArgC 的额外非特异性活性。在相同条件下，GingisREX未检测到这种情况。数据证实了GingisREX精氨酸残基的特异性活性，并显示使用Arg-C在赖氨酸和其他残基处的非特异性消化。Blinatumomab（一种对 CD19 和 T 细胞标志物 CD3 具有特异性的 BiTE 分子）。广东FabRICATORIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
与IdeS不同，Genovis的GingisREX（RgpB）是一种精氨酸特异性蛋白酶，可消化精氨酸残基的C末端蛋白质，包括难以与其他酶消化的Arg-Pro键。该酶可用于肽图分析、从头肽测序和翻译后修饰分析。精氨酸残基的特异性C-末端消化；在其他困难的精氨酸-脯氨酸序列中可靠消化；产生更长的肽-提高序列覆盖率。GingisREX是一种半胱氨酸蛋白酶，可特异性地消化肽键C末端到精氨酸残基，包括与脯氨酸相连的精氨酸。半胱氨酸是酶活性所必需的。与胰蛋白酶消化相比，可生成更长的肽，胰蛋白酶消化可以通过高分辨率质谱进行分离和鉴定。这为自下而上方法的样品制备提供了更多选择，以实现替代的酶解曲线和更高的序列覆盖率。GingisREX在赖氨酸上没有活性，通常使用Arg-C观察到。该酶在5.0-9.0的宽pH值范围内具有活性，它需要半胱氨酸并被盐酸胍抑制。该酶是从牙龈卟啉单胞菌中纯化的。北京FabALACTICAIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶可消化铰链下方单个氨基酸位点的抗体，产生均质的 F（ab'）2 和 Fc 片段。
与IdeS不同，Genovis的GingisKHAN（Kgp）是一种半胱氨酸蛋白酶，可在铰链上方的单个位点（KSCDK/THTCPPC）消化人IgG1，产生完整且均质的Fab和Fc片段。GingisKHAN是一种赖氨酸特异性蛋白酶。单一的消化位点是人IgG1三维结构的结果，使这种赖氨酸暴露于酶中。如果去除N-聚糖，则Fc上暴露的赖氨酸处可能会出现额外的消化位点。GingisKHAN需要温和的还原条件才能具有活性，并且在37°C和pH8下获得活性。还原剂（2mM半胱氨酸）与酶一起提供。GingisKHAN是从牙龈卟啉单胞菌中纯化的。该酶用于使用LC-MS表征基于抗体的生物zhiliao药物，研究Fc聚糖分析、双特异性抗体、亲和力和亲和力效应，并鉴定翻译后修饰。
与IdeS不同，度拉糖肽由两个胰高xue糖素样肽-1 （GLP-1） 分子组成，它们通过柔性 GS 接头连接到人 IgG4 的 Fc 区域。为了分别研究肽和 Fc 区域，从而鉴定结构域特异性 PTM，用 Genovis的GlySERIAS 在 37°C 下冻干消化度拉糖肽 1 小时。为了降低样品复杂性，使用内切糖苷酶GlycINATOR Lyophilized去除Fc聚糖，并用DTT还原链间二硫键。反相LC-MS对样品的分析表明，使用GlySERIAS进行连接子消化后，肽从Fc区域完全去除。连接子中的大量甘氨酸残基为GlySERIAS提供了许多不同的潜在消化位点，这就是为什么Fc/2和GLP-1肽都被检测为几种变体，其中不同数量的甘氨酸和丝氨酸残基仍然连接。此外，还鉴定了GLP-1肽的氧化。尽管GlySERIAS同时在多个位点进行消化，但一式三份的酶解在获得的不同Fc/2变体的相对量中显示出可重复的结果。如Thermo Scientific™ KingFisher™ ；在振动台上也能同样出色地工作。
对于涉及完整Fab或Fc抗体片段的应用，需要在抗体铰链处进行消化。木瓜蛋白酶和 Lys-C 等传统酶可用于生成 Fab 片段，但非特异性酶活性需要仔细优化，以极大限度地降低多个消化位点的风险。Genovis的SmartEnzymes IgG 蛋白酶 GingisKHAN 和 FabALACTICA 具有一个消化位点，可从人 IgG1 生成均质的 Fab 和 Fc 抗体片段。生成的片段可用于结晶和高阶结构 （HOS） 的 NMR 研究、结合研究等。在这里，我们提出了获得完整Fab和Fc抗体片段的不同策略。所得片段显示 GingisKHAN 的有效消化，用于生成完整的 Fab 片段或从依那西普上的融合 TNFR 结构域中分离 Fc。由于 GingisKHAN 的特异性消化依赖于 IgG 的天然折叠，因此在变性条件下特异性受到负面影响。为了使用SDS-PAGE分析消解效率，在加入SDS上样缓冲液之前，停止在分析样品中加入碘乙酰胺的反应。Genovis同时提供IdeS酶的纯化试剂盒。FabRICATOR （IdeS） 是一种 IgG 特异性半胱氨酸蛋白酶。福建GlySERIASIdeS蛋白酶抗体酶切
有一种检测FabRICATOR（IdeS蛋白酶）酶的方法。了解有关山羊多克隆抗体 Anti-FabRICATOR 的更多信息。广东FabRICATORIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
Genovis除了提供IdeS酶以外，还提供很多种特异性蛋白酶，如半胱氨酸蛋白酶 FabALACTICA （IgdE）。IgdE 在铰链正上方的一个特定位点消化人 IgG1，产生完整的 Fab 和 Fc 片段的均质池。它在pH值和盐浓度范围内具有活性，不需要任何还原剂或辅助因子。因此，与许多其他常用的蛋白酶相比，FabALACTICA不需要任何优化来避免过度消化。这使得FabALACTICA成为一种有吸引力的酶，例如在还原和非还原条件下的LC-MS分析、抗体高阶结构（HOS）的结晶和NMR研究、双特异性或多特异性抗体的表征、单价结合研究和完整的Fc聚糖分析。广东FabRICATORIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
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