与肽图谱相比，根据Genovis科学家的经验，尤其是对于像抗体这样的分子，许多人在常规实验中做了太多的肽图谱，而中级水平（Middle-level）的方法可以很好地工作。中级方法（IdeS酶切抗体）需要更少的实际操作步骤和较少的示例处理，所有这些都意味着过程中出错的事情更少。我们的许多酶可以作为平台方法，同样的方法适用于绝大多数的抗体，这不是肽图的情况下，可能需要优化整个样品制备，LC分离，质谱设置和数据分析的每个不同的抗体分析。这些变化可能是很小的，但没有一种适用于所有肽图的方法。由于分析和数据分析的简单性，中级方法非常适合自动化和高通量的工作流程。肽图当然可以自动用于样品制备，但高通量肽图生成大量数据，仍然需要彻底分析。事实上，肽图谱是一个多步骤的过程，每一个步骤都可能破坏方法，并可能导致破坏蛋白质的人工制品，很难交叉训练给非专业人员。中级水平的方法很容易交叉训练，我们的方法在质量控制实验室中被成功地使用。肽图谱是一种用于修饰分析和氨基酸确认的方法，但一旦完成了这一工作，我相信使用中级分析可以成功地更有效地完成抗体样本的大部分工作。消化在1小时内完成，且具有特异性。即使孵育时间延长，也没有过度消化的风险。吉林FabULOUSIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
Blinatumomab（一种对 CD19 和 T 细胞标志物 CD3 具有特异性的 BiTE 分子）的研究级生物仿制药在室温下用固定化过夜的 Genovis的GlySERIAS 消化。通过LC-MS对消解样品的直接分析表明，所有三个连接子区域均被消解，α-CD3 VL和VH链洗脱为一个色谱峰，α-CD19 VH和VL链作为单独的峰洗脱。来自连接的 α-CD3 VH 和 α-CD19 VH 结构域的小峰显示该短连接子未完全消化，表明 GlySERIAS 对短连接子的活性较低。与完整的蛋白质分析相比，四个结构域的分离提供了具有单同位素分辨率的高质量光谱。可以观察到每个结构域的几个不同变体，剩余的连接子残基数量不同。在色谱分离过程中，α-CD3 VH结构域无法从α-CD19 VH结构域完全基线分离，导致在相关质谱中观察到一些共洗脱。四个结构域的分离产生了有关在完整蛋白质水平上鉴定的蛋白质修饰位置的信息。例如，在完整水平上鉴定的 37 Da 的蛋白质修饰被分配给 α-CD3 VH 链。此外，240Da 和 320da 的两个修饰分别被分配给 α-CD3 VL 结构域。后者还含有一个带有五六个组氨酸残基的 His 标签。这些数据证明了使用 Genovis的GlySERIAS Immobilized 对包含多个柔性连接子蛋白进行质量控制的中级工作流程的强大功能。安徽FabALACTICAIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶Genovis亚基分析比肽图谱具有简单快速的巨大优势，更适用于高通量的检测，并可用于支持肽图分析。
当你应用像肽图这样的方法时，你可以从Genovis中级方法中获得的信息量就没有那么多了。一个主要的区别是你不能像在肽水平上那样将修改定位到单个氨基酸。然而，中级分析比肽图谱具有快速和简单的巨大优势，因为需要分析的色谱峰要少得多，数据处理任务要简单得多。此外，在中级实验中，手工实验步骤要少得多，FabALACTICA（IdeS）酶切消化方法不需要针对不同的人体IgG1进行优化。一旦在氨基酸水平上进行了PTM表征，我们非常认为中级表征肽图的一种补充方法，可以在更常规的基础上应用。中级分析更适用于高通量或监测类型的方法，并可用于支持肽图分析。
样品制备的条件可能会在样品中诱发伪影，因此需要避免高温和碱性pH值进行质谱分析。如果可能的话，避免多个步骤并在一锅反应中进行消化和还原也可能是有益的。与IdeS不同，为了探索Genovis的GingisREX对离液剂和去液剂的稳定性和耐受性，在一系列试剂中测试了酶活性，并使用底物测定进行了评估。数据显示，GingisREX在6M时耐受尿素，吐温高达1%，但活性在0.1%时受到SDC的负面影响。该酶在 pH 值范围为 5.0 至 9.0 时显示出活性，在 pH 值为 6.5-8.0 之间。综上所述，GingisREX可用于一锅反应，以同时消化和变性6M尿素。与Genovis的IdeS不同，双特异性 T 细胞接合器 （BiTE） 分子是一种融合蛋白疗法，其中两个 scFv 融合，形成一个双特异性分子，其中一个 scFv 靶向细胞毒性 T 细胞，另一个靶向Ai症抗原。该蛋白质由四个蛋白质结构域组成，两个 scFv 均由 VL 和 VH 区域组成，总共由三个柔性 GS 连接子连接。这种蛋白质的大尺寸（54 kDa）可能对通过完整质谱法进行产品质量监测构成挑战，因为标准MS仪器可能无法提供蛋白质的单同位素分辨率。FabRICATOR （IdeS） 是一种 IgG 特异性半胱氨酸蛋白酶。
抗体由于其大小和复杂性，是一种难以表征的分子。偶联药物有效载荷是对抗Ai症等疾病的一种有吸引力的方法，但进一步增加了异质性的复杂性和风险。抗体药物偶联物 （ADC） 需要像任何其他基于 IgG 的生物制药一样进行仔细和详细的表征，并且需要适当的分析工作流程。Genovis的FabRICATOR（IdeS）酶将ADC消化成其亚基，可以详细表征这类复杂的药物。Genovis的内切糖苷酶 IgGZERO和 GlycINATOR 还可以研究完整的 ADC，但降低复杂性并提高分辨率。来自小鼠 IgG2a 和 IgG3 的片段可以由 FabRICATOR Z 生成。FabRICATOR ZIdeS蛋白酶蛋白组学
Genovis的GingisKHAN和FabALACTICA可酶切人 IgG1，获得完整Fab和Fc抗体片段。吉林FabULOUSIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
对于携带突变铰链的 Fc 融合蛋白或抗体来说，Fab 和 Fc 片段的生成可能具有挑战性。Genovis的GingisKHAN酶在铰链上方一个可触及的赖氨酸位点消化人IgG1，在足够温和的还原条件下保留链内和链间二硫键，从而产生完整的Fab和Fc片段。对于融合蛋白，消化通常在铰链上方获得，但融合伴侣的结构和氨基酸序列可能导致其他暴露的消化位点。如果去除保守的 Fc N-聚糖，Fc 中的第二个切割位点也可能被GingisKHAN酶切。将精选的单克隆人 IgG1 抗体和 Fc 融合蛋白与 GingisKHAN 在 37°C 下孵育 1 小时，并通过 HPLC 进行分析。吉林FabULOUSIdeS蛋白酶IgG特异性蛋白酶
与IdeS不同，为了获得更均匀的度拉糖肽融合蛋白的消化产物，用Genovis的GlySERIAS固定...
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