ChIP(染色质免疫沉淀)实验是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的技术。以下是ChIP实验的实验方法概述:
1. 交联:将细胞与交联剂(如1%甲醛)孵育,通常在室温下进行10-15分钟。
2. 终止交联:添加甘氨酸以终止交联反应,孵育5分钟。
3. 收集细胞:通过离心收集细胞,并用PBS洗涤以去除交联剂。
4. 细胞裂解:使用裂解缓冲液裂解细胞,释放染色质。
5. 染色质剪切:使用超声波或酶消化将染色质剪切成适当大小的片段。
6. 免疫沉淀:将剪切后的染色质与特异性抗体孵育,然后添加蛋白A/G磁珠。
7. 洗涤:用低盐、高盐和LiCl洗涤液洗涤磁珠,去除非特异性结合物。
8. 洗脱:用洗脱缓冲液洗脱DNA。
9. 逆转交联:用蛋白酶K处理,然后在65°C下加热过夜以逆转交联。
10. DNA纯化:使用商业试剂盒或标准酚/氯仿方法纯化DNA。
11. 分析:使用qPCR分析富集的DNA,或进行测序以确定蛋白质结合位点。
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真核生物的基因组 DNA 以染色质(Chromatin)的形式存在。因此,研究蛋白质与 DNA 在染色质环境中的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径,而染色质免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)技术是目前公认的研究此相互作用的选择,是真核生物基因表达机制研究中不可或缺的技术之一。
它的基本原理是在活细胞状态下,固定蛋白质-DNA(染色质)复合物,并将其切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法(抗体亲和)沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的 DNA,通过对目的片段的纯化与后期检测,从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。
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免疫沉淀实验不同于WB实验的样品制备,对实验样品制备要求更高,除了要控制所有操作尽量在冰上完成外,关键的是裂解液的成分,裂解液成分直接决定了样品质量。
主要影响:
1. 蛋白的释放:许多目的蛋白定位在细胞器,质膜,细胞核,细胞骨架中,但通常这些亚细胞结构很难被裂解液有效溶解,所以很难将这些蛋白释放出来。
2. 蛋白相互作用:不同去垢剂对不同性质的蛋白质间相互作用影响程度不同,一些互作较弱的蛋白对尽管在比较温和的裂解液配方中仍然会被破坏。
Co-IP的优势:
1. 生理相关性:Co-IP可以在接近生理条件的条件下捕获蛋白质相互作用。
2. 特异性:使用特异性抗体可以提高实验的特异性。
3. 广泛应用:Co-IP技术适用于多种样本类型,包括细胞培养、组织样本等。
Co-IP的局限性:
1. 抗体依赖性:需要高质量的特异性抗体,否则可能得到假阳性或假阴性结果。
2. 非特异性结合:可能存在非特异性结合问题,需要仔细的实验设计和对照来控制。
3. 技术挑战:对于低丰度或弱相互作用的蛋白质,Co-IP可能面临技术挑战。
免疫沉淀的操作步骤?
RIP(RNA Immunoprecipitation,RNA免疫沉淀)的实验设计需要考虑多个方面,以确保实验的准确性和可重复性。
1. 目标蛋白的选择:确定你想要研究的目标RNA结合蛋白(RBP)。
2. 阳性和阴性对照:设计实验时,需要包括阳性对照和阴性对照。
3. 细胞培养与裂解:选择合适的细胞类型进行培养。
4. 抗体孵育:将特异性抗体与细胞裂解液孵育,以形成抗体-蛋白质-RNA复合物。
5. 免疫沉淀:使用蛋白A或蛋白G结合的珠子进行免疫沉淀,捕获抗体-蛋白质-RNA复合物。
6. 洗涤和分离:洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和RNA。从珠子上分离RNA,可能需要使用低pH缓冲液或蛋白酶K处理。
7. RNA分析:使用qPCR、Northern blot或RNA-Seq等方法分析沉淀下来的RNA。
8. 数据分析:对实验结果进行定量分析,比较不同样品之间的RNA水平。
9. 实验重复:为了确保结果的可靠性,实验应该进行至少三次重复。
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10. 技术验证:使用其他技术(如RNA-pull down或FISH)验证RIP实验结果。
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免疫沉淀RIP实验中磁珠还是琼脂糖珠的选择取决于客户实验情况。
琼脂糖珠海绵状的结构 (直径 50-150 μm) 可以结合抗体 (继而结合靶蛋白) ,它能够直接高效、快速结合抗体,而不需借助特殊的专业设备。琼脂糖珠呈多孔结构,这使得它们拥有更大的表面积可与蛋白质相互接触,具有更高的结合载量。
与琼脂糖珠不同,磁珠是固体,抗体的结合限于磁珠的表面。磁珠 (直径 1-4 μm) 明显小于琼脂糖珠 ,尽管磁珠没有多孔中心增加结合能力,但每体积的磁珠数量比琼脂糖珠多,使磁珠拥有足够的抗体结合表面积满足高容量的抗体结合。
简而言之,琼脂糖珠的结合能力较强,而磁珠在得率,可重复性以及自动化方面有明显的优势。
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