真核生物的基因组 DNA 以染色质(Chromatin)的形式存在。因此,研究蛋白质与 DNA 在染色质环境中的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径,而染色质免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)技术是目前公认的研究此相互作用的选择,是真核生物基因表达机制研究中不可或缺的技术之一。
它的基本原理是在活细胞状态下,固定蛋白质-DNA(染色质)复合物,并将其切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法(抗体亲和)沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的 DNA,通过对目的片段的纯化与后期检测,从而获得蛋白质与 DNA 相互作用的信息。
免疫沉淀技术是什么?Protein AG免疫沉淀磁珠哪个公司好用
免疫沉淀技术(Immunoprecipitation,简称IP)是一种生物化学方法,它利用特异性抗体对抗原进行亲和纯化。在含有目的抗原的细胞裂解液中加入特定的抗体以及Protein A/G-Beads(预先将Protein A/G固定结合在磁珠上),根据抗原与抗体、Protein A/G与抗体的Fc的特异性,形成“抗原-抗体-Protein A/G-Beads”复合物,清洗离心后去除溶液中未结合的杂蛋白,检测是否存在目的蛋白。
免疫沉淀技术常用于从细胞或组织裂解物中分离用于免疫印迹检测或其他检测技术的蛋白和其他生物分子。它的目标是分离足够用于Western Blot或其他检测方法检测的蛋白质。
Protein AG免疫沉淀磁珠哪个公司好用免疫沉淀技术RIP的原理是什么?
免疫沉淀(RIP)实验中抗体的选择非常关键,因为抗体的特异性和亲和力直接影响到实验的成功与否。
1. 特异性:抗体应当对目标蛋白具有高度的特异性,以避免与其他蛋白发生非特异性结合,导致假阳性结果。
2. 亲和力:抗体对目标蛋白的亲和力要足够高,以确保在免疫沉淀过程中能够有效地捕获目标蛋白。
3. 抗体类型:单克隆抗体和多克隆抗体都可以用于IP实验。单克隆抗体提供更高的特异性和批间一致性,而多克隆抗体可能提供更强的结合能力和更广的表位覆盖。
4. 应用验证:选择已经过免疫沉淀(RIP)或相关应用(如Western blot, IHC)验证的抗体,这增加了实验成功的可能性。
5. 供应商信息:选择信誉良好的抗体供应商,并查看供应商提供的技术数据和客户评价,以帮助做出决策。
RIP实验步骤通常包括:
1. 细胞收集与交联:培养细胞至适当密度。使用交联剂(如甲醛)进行交联,以固定蛋白质-RNA复合物。
2. 细胞裂解:收集细胞并进行裂解,释放RNA-蛋白质复合物。在裂解过程中添加蛋白酶抑制剂以防止蛋白质降解。
3. 超声处理:使用超声波破坏细胞,获得更小的染色质片段,这有助于后续步骤中抗体的接触。
4. 除去细胞碎片:通过离心去除细胞碎片和未裂解的细胞,收集含RNA-蛋白质复合物的上清液。
5. 免疫沉淀:将针对特定RNA结合蛋白(RBP)的抗体加入到上清液中。孵育一段时间,使抗体与目标蛋白充分结合。
6. 捕获免疫复合物:添加蛋白A或蛋白G结合的磁珠或琼脂糖珠。孵育使抗体-蛋白质-RNA复合物与珠子结合。
7. 洗涤:多次洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和RNA。
8. 洗脱与逆转交联:使用适当的缓冲液洗脱免疫复合物。使用蛋白酶K处理样品以逆转交联,释放RNA。
9. RNA提取与纯化:从免疫沉淀样品中提取RNA,并进行纯化。
10. RNA分析:使用qPCR、Northern blot、RNA-Seq等方法分析沉淀的RNA,以确定与目标蛋白相互作用的RNA种类。
免疫沉淀技术RIP的应用有哪些?
免疫沉淀实验中抗体的选择非常关键,因为抗体的特异性和亲和力直接影响到实验的成功与否。
1. 特异性:抗体应当对目标蛋白具有高度的特异性,以避免与其他蛋白发生非特异性结合,导致假阳性结果。
2. 亲和力:抗体对目标蛋白的亲和力要足够高,以确保在免疫沉淀过程中能够有效地捕获目标蛋白。
3. 抗体类型:单克隆抗体提供更高的特异性和批间一致性,而多克隆抗体可能提供更强的结合能力和更广的表位覆盖。
4. 应用验证:选择已经过验证的抗体,这增加了实验成功的可能性。
5. 供应商信息:选择信誉良好的抗体供应商,并查看供应商提供的技术数据和客户评价,以帮助做出决策。
免疫沉淀RIP技术选琼脂糖珠还是磁珠?杭州ChIP免疫沉淀磁珠的选择
免疫沉淀技术RIP的实验设计。Protein AG免疫沉淀磁珠哪个公司好用
免疫沉淀纯化所得抗原纯度低一般有多种原因:
1. 非特异性蛋白污染
如果洗脱所得抗原纯度较低,则有几种方法可以进行优化。在结合或洗涤缓冲液中加入去污剂或其他可以降低非特异性结合的组分。使用普通微珠预纯化样本还可以降低非目标分子的共纯化。此外,还可以使用无关蛋白 (如BSA) 封闭微珠 。
2. 抗体污染
使用蛋白A、G或A/G的经典免疫沉淀实验中会出现抗体与抗原共洗脱的情况。如果共洗脱会影响下游分析,则需要使用抗体通过共价连接固定至微珠的方法进行实验,如Pierce 直接 IP 或交联 IP 的形式。
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