RIP实验步骤通常包括:
1. 细胞收集与交联:培养细胞至适当密度。使用交联剂(如甲醛)进行交联,以固定蛋白质-RNA复合物。
2. 细胞裂解:收集细胞并进行裂解,释放RNA-蛋白质复合物。在裂解过程中添加蛋白酶抑制剂以防止蛋白质降解。
3. 超声处理:使用超声波破坏细胞,获得更小的染色质片段,这有助于后续步骤中抗体的接触。
4. 除去细胞碎片:通过离心去除细胞碎片和未裂解的细胞,收集含RNA-蛋白质复合物的上清液。
5. 免疫沉淀:将针对特定RNA结合蛋白(RBP)的抗体加入到上清液中。孵育一段时间,使抗体与目标蛋白充分结合。
6. 捕获免疫复合物:添加蛋白A或蛋白G结合的磁珠或琼脂糖珠。孵育使抗体-蛋白质-RNA复合物与珠子结合。
7. 洗涤:多次洗涤珠子以去除未特异性结合的蛋白质和RNA。
8. 洗脱与逆转交联:使用适当的缓冲液洗脱免疫复合物。使用蛋白酶K处理样品以逆转交联,释放RNA。
9. RNA提取与纯化:从免疫沉淀样品中提取RNA,并进行纯化。
10. RNA分析:使用qPCR、Northern blot、RNA-Seq等方法分析沉淀的RNA,以确定与目标蛋白相互作用的RNA种类。
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RNA免疫沉淀技术(RIP)是一种研究RNA与蛋白质相互作用的重要方法,其应用领域主要包括:
1. 转录后调控研究:RIP技术可以帮助研究者了解RNA在转录后水平如何被调控。
2. 表观遗传调控:RIP技术用于研究RNA结合蛋白(RBPs)在表观遗传调控中的作用。
3. 非编码RNA功能研究:RIP技术可以用来研究长非编码RNA(lncRNA)、miRNA和其他小RNA的种类,以及它们如何与蛋白质相互作用来调控基因表达。
4. RNA病毒研究:RIP技术也可用于研究RNA病毒与其宿主细胞内蛋白质的相互作用,进而了解病毒复制和致病机制。
5. RNA修饰和甲基化研究:RIP技术结合其他技术如m5C-RIP-seq,可用于研究RNA甲基化修饰及其在病理过程中的作用。
6. RNA定位和稳定性:通过RIP技术,研究者可以探索特定RNA在细胞内的定位以及它们如何被稳定或降解。
7. RNA-蛋白质复合物的鉴定:RIP技术可以用来鉴定与特定RNA结合的蛋白质,从而揭示RNA-蛋白质复合物的组成。
8. 疾病相关RNA研究:RIP技术在疾病相关RNA的研究中也有应用。
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免疫沉淀是探索细胞内复杂分子互动网络的重要方法。在细胞代谢的研究中,它帮助我们了解关键酶与其他调节蛋白之间的相互作用。例如,在糖代谢过程中,通过免疫沉淀特定的糖代谢酶,可以发现与之结合并调节其活性的蛋白质,从而揭示细胞如何精细调控代谢途径以适应不同的生理需求。对于神经生物学的研究,免疫沉淀同样具有重要价值。神经元之间的信号传递依赖于一系列蛋白质的协同作用,通过免疫沉淀相关的神经递质受体或信号蛋白,可以揭示神经信号传导过程中的分子机制,为理解神经系统的功能和疾病的发展提供深入的见解。而且,免疫沉淀在研究细胞应激反应中也发挥着关键作用。当细胞受到外界压力,如氧化应激或热休克时,会产生一系列应激蛋白。通过免疫沉淀这些应激蛋白及其相互作用伙伴,可以阐明细胞的应激防御机制和适应性反应。
免疫沉淀实验不同于WB实验的样品制备,对实验样品制备要求更高,除了要控制所有操作尽量在冰上完成外,关键的是裂解液的成分,裂解液成分直接决定了样品质量。
主要影响:
1. 蛋白的释放:许多目的蛋白定位在细胞器,质膜,细胞核,细胞骨架中,但通常这些亚细胞结构很难被裂解液有效溶解,所以很难将这些蛋白释放出来。
2. 蛋白相互作用:不同去垢剂对不同性质的蛋白质间相互作用影响程度不同,一些互作较弱的蛋白对尽管在比较温和的裂解液配方中仍然会被破坏。
免疫沉淀纯化所得抗原量低是什么原因?
免疫沉淀实验中磁珠还是琼脂糖珠的选择取决于客户实验情况。
琼脂糖珠海绵状的结构 (直径 50-150 μm) 可以结合抗体 (继而结合靶蛋白) ,它能够直接高效、快速结合抗体,而不需借助特殊的专业设备。琼脂糖珠呈多孔结构,这使得它们拥有更大的表面积可与蛋白质相互接触,具有更高的结合载量。
与琼脂糖珠不同,磁珠是固体,抗体的结合限于磁珠的表面。磁珠 (直径 1-4 μm) 明显小于琼脂糖珠 ,尽管磁珠没有多孔中心增加结合能力,但每体积的磁珠数量比琼脂糖珠多,使磁珠拥有足够的抗体结合表面积满足高容量的抗体结合。
简而言之,琼脂糖珠的结合能力较强,而磁珠在得率,可重复性以及自动化方面有明显的优势。
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免疫沉淀技术的实验方法。苏州anti DYKDDDDK免疫沉淀磁珠哪个公司好用
免疫沉淀技术在蛋白质研究中充当着强大而可靠的助手角色。它为研究蛋白质的表达调控提供了重要途径。通过在不同生理或病理条件下进行免疫沉淀实验,可以比较目标蛋白质的含量变化,从而揭示基因表达调控机制在蛋白质水平上的体现。这对于理解细胞分化、发育以及疾病发生过程中的基因调控网络具有重要意义。在蛋白质组学研究中,免疫沉淀能够对特定类型的蛋白质进行富集和分析。例如,针对磷酸化蛋白质进行免疫沉淀,可以构建磷酸化蛋白质组图谱,从而系统地研究蛋白质磷酸化在细胞信号传导、细胞周期调控等过程中的作用。此外,免疫沉淀还可以与定量蛋白质组学技术相结合,实现对蛋白质相互作用的定量分析。通过比较不同条件下免疫沉淀得到的蛋白质复合物的含量变化,可以精确地确定蛋白质相互作用的强度和动态变化,为建立准确的蛋白质相互作用网络模型提供有力的数据支持。苏州anti DYKDDDDK免疫沉淀磁珠哪个公司好用