湖南嘉安健达二代测序

二代测序——转录组测序的实验流程（下）

测序

根据研究需求和预算选择合适的测序平台，如 Illumina 测序平台。它的测序原理主要是边合成边测序（SBS）。在测序过程中，dNTP（脱氧核糖核苷三磷酸）带有不同颜色的荧光标记，当新的 dNTP 加入到正在合成的 DNA 链时，通过检测荧光信号来确定碱基类型，从而读取 cDN**段的序列。测序深度（覆盖度）也是一个重要参数，一般来说，测序深度越高，检测到的低表达转录本的概率就越大，但成本也会相应增加。

数据分析

数据质量控制是第一步，要去除低质量的 reads（如含有较多不确定碱基 “N” 的 reads）和接头序列。然后将高质量的 reads 比对到参考基因组或转录组上，常用的比对软件有 TopHat、STAR 等。在确定了 reads 的位置后，就可以计算转录本的表达量，常用的方法有 RPKM（Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads）、FPKM（Fragments Per Kilobase of exon model per Million mapped fragments）等。此外，还可以进行差异表达分析，找出在不同样本条件下（如疾病组和健康组）表达量有***差异的转录本，用于后续的功能注释和通路分析，了解这些转录本可能参与的生物学过程和信号通路。 二代测序的优势是高灵敏度。湖南嘉安健达二代测序

一代、二代、三代测序的区别分别是什么？

一代测序是上世纪70年代由Sanger和Coulson开创的DNA双脱氧链终止法测序，也称为Sanger测序。

二代测序技术(NGS)是为了改进一代测序通量过低的问题而出现的，能够同时对上百万甚至数十亿个DNA分子进行测序实现了大规模、高通量测序的目标。

三代测序主要有两种技术PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore 的纳米孔单分子测序技术，这两种技术的测序读长都可以达到几-kb的级别，远远高于二代测序技术。 贵州哪里有二代测序流程二代测序使用的是哪种设备？

①二代测序一般多久出结果？

二代测序（Next-GenerationSequencing，NGS）出结果的时间会受到多种因素的影响，一般在数天到数周不等。

1、样本类型和质量

不同的样本类型处理时间不同。例如，血液样本相对容易处理，提取DNA的过程比较常规。如果是组织样本，可能需要先进行样本的解离等复杂操作。如果样本质量高，DNA提取和文库构建等前期工作会比较顺利，能加快整体进程。但如果样本量少或者DNA有降解等质量问题，可能需要重新提取样本或者进行DNA修复等操作，这会**延长时间。例如，对于新鲜血液样本，DNA提取可能在1-2天内完成；而对于一些福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本，可能需要3-5天来完成高质量DNA的提取和后续的优化处理。

什么样本可以做二代测序？①

1、血液样本

全血：这是最常见的样本类型之一。血液中含有白细胞，其细胞核内有完整的基因组DNA。通过提取白细胞中的DNA，可以进行全基因组测序、全外显子组测序等。例如，在遗传病的基因诊断中，抽取患者的全血，提取DNA后，对与疾病相关的基因或整个外显子组进行测序，以寻找致病突变。

血浆/血清：其中含有游离的DNA（cfDNA）和RNA（cfRNA）。在**患者中，肿瘤细胞会释放其DNA片段进入血液循环，这些cfDNA被称为循环**DNA（ctDNA）。通过对血浆中的ctDNA进行测序，可以实现**的早期筛查、***过程中的动态监测等。例如，对于肺*患者，检测血浆中的ctDNA来追踪**的基因突变情况，为靶向***提供依据。 扩增子测序是二代测序吗？

二代测序的建库步骤③

三、末端修复和加A尾（以DNA文库为例）

末端修复：经过片段化后的DNA末端可能是不平齐的，有5'-突出端或3'-突出端。末端修复反应可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶，将这些末端补平，使其成为平末端。T4DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性，在合适的反应缓冲液和dNTP（脱氧核糖核苷三磷酸）存在下，可以将突出的末端补平。

加A尾：在末端修复后的平末端DNA分子的3'-末端加上一个A碱基。这一步是为了后续连接带有T-突出端的接头做准备，一般使用Klenow片段（3'→5'外切酶活性缺失）在dATP存在下进行加A反应，这样可以使DNA片段能够高效地与带有T-突出端的测序接头连接。 二代测序的优势是高通量。天津哪里有二代测序原理

二代测序是先打断DNA，使其片段化。湖南嘉安健达二代测序

二代测序的建库步骤⑥

六、文库质量检测

定量检测：使用荧光定量PCR（qPCR）或其他核酸定量方法（如Qubit）来确定文库的浓度。Qubit是一种基于荧光染料与核酸特异性结合的定量方法，它可以准确地测量DNA或RNA的浓度，并且对不同大小的核酸片段有较好的定量准确性。通过定量检测，可以了解文库的产量，为后续的测序上样量提供参考。

片段大小检测：利用琼脂糖凝胶电泳或生物分析仪（如Agilent2100Bioanalyzer）来检测文库片段大小。琼脂糖凝胶电泳是一种传统的方法，通过将文库样品在琼脂糖凝胶中进行电泳，根据DNA片段在电场中的迁移速度来判断片段大小。生物分析仪则可以提供更精确的片段大小分布和浓度信息，它是基于微流体芯片技术，能够快速、准确地分析文库质量。 湖南嘉安健达二代测序