阴离子交换填料与阳离子交换填料互补，其表面修饰有碱性功能基团（如二乙基氨基乙基、季铵基），在适宜pH条件下解离带正电，通过静电作用选择性吸附带负电的蛋白分子。分离过程中，缓冲液pH值需高于目标蛋白等电点，使目标蛋白带负电并与填料结合，再通过增加缓冲液中盐离子浓度（如NaCl）竞争结合位点，实现不同亲和力蛋白的梯度洗脱。这类填料材质多为琼脂糖、聚苯乙烯或硅胶，其中强碱性季铵基填料适用pH范围广（2-12），稳定性强，适合耐高温、耐酸碱的蛋白纯化；弱碱性二乙基氨基乙基填料适用pH范围较窄（3-9），但对蛋白的吸附温和，可减少蛋白变性风险，常用于敏感性蛋白的分离。填料选择需综合考虑目标蛋白特性、杂质组成及纯化目的。生产级分离介质厂家直销
IMAC是亲和层析中广泛应用的类型之一，尤其适用于重组蛋白的纯化。填料通过螯合配基（如亚氨基二乙酸IDA、次氮基三乙酸NTA）将二价金属离子（Ni²⁺、Co²⁺、Cu²⁺、Zn²⁺）固定在基质上。这些金属离子可与重组蛋白表面暴露的组氨酸标签（通常是6×His）发生配位结合。结合后，通过使用低pH缓冲液、或加入竞争性物质（如咪唑、组氨酸）进行洗脱。IMAC操作简便、载量高、成本适中，已成为分子生物学实验室纯化重组蛋白的方法，但其特异性有时受限于天然蛋白表面的金属结合位点。CM分离填料源头厂家生物仿制药生产对填料一致性要求极高，确保产品质量稳定。
疏水作用层析（HIC）填料利用蛋白表面疏水区域与固定相烷基或芳基配基的可逆结合，在高盐条件下上样，低盐条件下洗脱。这类填料以丁基、辛基或苯基为配基，偶联在琼脂糖或聚合物基质上，Toyopearl Butyl和Phenyl Sepharose应用广。HIC的优势在于生理pH操作，有效维持蛋白活性，对抗体聚集体去除效果明显，常与离子交换串联使用形成正交纯化。其载量适中（20-40 mg/mL），分辨率优于亲和层析但低于离子交换。挑战在于条件优化复杂，盐浓度和pH需精确控制。广泛应用于抗体药物中聚集体/片段去除、ADC药物DAR值调控及膜蛋白纯化，是精纯步骤的关键技术。
配基脱落是亲和层析监管的痛点，脱落的蛋白A或Ni²⁺可能引发免疫原性或毒性。新一代填料通过多点定向偶联和配基交联技术将脱落降至<1 ppm，如KanCapA采用第三代蛋白A配基，通过C端定向偶联和分子内二硫键稳定。聚合物涂层技术（如Tentacle技术）将配基接枝成长链，减少空间位阻同时避免直接接触基质。优势在于产品安全性提升，后续检测压力减轻，符合ICH Q3D元素杂质指导原则。缺点是成本增加20-30%，且偶联工艺复杂。在生物制药（如长效缓释制剂）和监管严格市场（欧盟、FDA）已成强制要求，是工艺验证中关键质量属性（CQA）控制的。GST标签蛋白常用谷胱甘肽填料进行亲和纯化，操作简便高效。
生物制药生产中，层析填料需经受0.1-0.5 M NaOH原位清洗以去除顽固污染物，传统配基（蛋白A、天然配基）在此条件下易降解。新型耐碱填料通过配基工程化改造实现突破，如MabSelect SuRe配基经多突变优化，可承受0.5-1 M NaOH循环清洗50次以上。聚合物基质填料本身具备优异耐碱性，如Eshmuno和Fractogel系列。耐碱清洗填料明显延长使用寿命（从20次提升至>200次），降低生产成本50%以上，同时减少批次间交叉污染风险。选择时需评估配基脱落、载量衰减和清洗验证周期。在单抗商业化生产中已成标配，FDA工艺验证中清洗验证是关键考察项目，了填料耐用性的发展方向。
填料保存通常于20%乙醇中，防止微生物生长并维持性能。生产级分离介质厂家直销
复合模式（Mixed-Mode）填料整合疏水、离子交换、氢键等多种作用力，通过协同效应实现传统单模式填料无法达到的选择性。Capto MMC和Capto Adhere是典型，前者兼具弱阳离子交换和疏水作用，后者整合强阴离子交换、疏水及氢键作用。这类填料可在电导率较高条件下结合蛋白，简化样品前处理，对电荷异构体、聚集体和HCP残留去除效果明显。其优势在于工艺步骤缩减潜力大，可实现"两步法"替代传统"三步法"纯化策略，提升收率并降低成本。挑战在于方法开发复杂，需筛选pH、盐浓度和添加剂。在抗体、重组蛋白精纯中应用日益，是工艺强化（Process Intensification）的关键工具。
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