Recombinant Mouse CD4/LEU3 Protein

CUT&RUN和ChIC是两种用于研究蛋白质-DNA相互作用的技术，它们有一些关键的区别：1.**技术原理**：-**ChIC（ChromatinImmunocleavage）**：ChIC技术利用抗体将感兴趣的蛋白与ProteinA-MNase相结合来进行DNA切割。ChIC的优势在于使用TF特异性抗体系住MNase，并只在结合位点裂解。-**CUT&RUN（CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease）**：CUT&RUN技术则是在核的轻微MNase处理后释放单核小体和TF-DNA复合物，留下寡核小体。CUT&RUN通过在冰上进行简短的消化反应，在TF结合的MNase扩散到周边的基因组和裂解可接近的染色质之前在上清中恢复TF-DNA复合物。2.**操作步骤和简便性**：-**ChIC**：ChIC可能需要甲醛固定操作，这可能重新引入了ChIP-seq的一些问题，如交联导致的DNA和蛋白质的化学修饰。-**CUT&RUN**：CUT&RUN简化了操作步骤，使用磁珠固定细胞核，适用于新鲜和冷冻组织样本，缩短了生成DNA测序文库的时间（1-2天）。3.**背景信号和信噪比**：-**ChIC**：ChIC产生的背景信号可能较高，因为它可能涉及到非特异性的DNA切割。

pA-MNase（蛋白A-微球菌核酸酶）在以下实验中特别有用：1.**ChIC(ChromatinImmunocleavage)**：这是一种用于研究蛋白质-DNA相互作用的技术，pA-MNase在此技术中用于在免疫沉淀后切割染色质DNA，以分析特定蛋白质与DNA的结合位点。2.**CUT&RUN(CleavageUnderTargetsandReleaseUsingNuclease)**：这是一种蛋白质-基因组互作研究技术，pA-MNase在此技术中用于在目标蛋白质被抗体识别后，通过核酸酶活性切割附近的DNA，从而释放与目标蛋白质相互作用的DNA片段。CUT&RUN技术相比传统的ChIP-Seq具有实验周期短、信噪比高、可重复性好以及细胞投入量低的优势，尤其适用于早期胚胎发育、干细胞、**以及表观遗传学等研究领域。3.**染色质免疫沉淀实验**：pA-MNase在染色质免疫沉淀实验中用于染色质片段化，它在核小体间DNAlinker上进行切割保持了核小体的完整性，并且由于其温和的酶解条件，消除了超声功率的可变性和超声过程中染色质乳化所带来的负面影响。4.**去除核酸污染**：pA-MNase也可用于去除细胞裂解液中的核酸，以减少样品的粘度，这对于后续的蛋白质分析实验尤为重要。

核酸内切酶VIII（EndonucleaseVIII）是一种来自大肠杆菌的DNA损伤修复酶，具有以下特点：1.**双功能活性**：核酸内切酶VIII具有N-糖基化酶(N-glycosylase)活性和AP裂解酶(AP-lyase)活性。2.**释放受损嘧啶碱基**：N-糖基化酶活性可以释放双链DNA上受损的嘧啶碱基，如胸腺嘧啶乙二醇和尿嘧啶乙二醇，生成一个脱嘌呤(apurinic,AP)位点。3.**切割AP位点**：AP裂解酶活性可以切割AP位点的3'和5'端，产生一个具有3'和5'磷酸的碱基缺口(Gap)。4.**识别并切除受损碱基**：核酸内切酶VIII可以识别并切除多种受损碱基，包括尿素、5,6-二羟基胸腺嘧啶、胸腺嘧啶乙二醇、5-羟基-5-甲内酰脲、尿嘧啶乙二醇、6-羟基-5,6-二氢胸腺嘧啶和甲基羟丙二酰脲。5.**与EndonucleaseIII的区别**：虽然核酸内切酶VIII与核酸内切酶III相似，但核酸内切酶VIII具有β和δ裂解酶活性，而核酸内切酶III具有β裂解酶活性。6.**应用领域**：核酸内切酶VIII可以应用于单细胞凝胶电泳、NGS建库中DNA损伤修复、酶法合成DNA中释放DNA链、碱洗脱，搭配尿嘧啶-DNA糖基化酶(UDG)进行含U片段的克隆等。

Cre重组酶在基因编辑中的操作主要涉及以下几个步骤：1.**识别与结合**：-Cre重组酶首先识别并分别结合两个LoxP序列的两个反向重复序列，形成一个二聚体。2.**四聚体形成**：-两个二聚体互相靠近，形成由四个Cre分子与两个LoxP位点结合形成的四聚体复合物。3.**DNA切割与交换**：-Cre重组酶在每个LoxP位点的间隔序列中引导单链切割，产生带有3’端羟基的断裂。每个LoxP位点的两个单链分别被切割。切割产生的自由3’端与对侧的3’端进行交换和重连，形成Holliday交叉结构。4.**分子重组与解旋**：-Holliday交叉结构通过Cre酶的作用被解旋并重组，形成新的重组产物。这个过程导致两个LoxP位点之间的DNA序列被删除、反转或易位，具体效果取决于LoxP序列的排列方式（方向和位置）。5.**条件性基因编辑**：-通过建立特异性Cre小鼠，该小鼠中的Cre重组酶由特定启动子驱动，可在特定细胞或组织或全身表达Cre重组酶。与带有Lox位点的Flox小鼠杂交，子代中可以获得既带有Cre又带有Flox基因的小鼠，实现条件性基因打靶（表达或敲除靶基因）。SpCas9-NLS的应用范围广泛，可用于细胞内的CRISPR/Cas9系统介导的基因编辑。

ExoIII（ExonucleaseIII）和Lambda核酸外切酶（λExonuclease）在DNA末端处理上的主要不同点如下：1.**作用方向**：-**ExoIII**：具有3'→5'外切脱氧核糖核酸酶活性，它从DNA链的3'-OH末端逐步切去单核苷酸。-**Lambda核酸外切酶**：是一种5'→3'核酸外切酶，能选择性地沿5'→3'方向消化5'端磷酸化的双链DNA。2.**底物特异性**：-**ExoIII**：适底物是平末端或5'末端突出的DNA，但也可以作用于双链DNA切刻位点产生单链缺口。由于对单链DNA无活性，因此难以切割3'突出末端。-**Lambda核酸外切酶**：适底物是5'磷酸化的双链DNA，对单链DNA和5'端未磷酸化修饰的DNA的酶切活性较低，不能从DNA的切刻或缺口处起始消化。3.**活性差异**：-**ExoIII**：对具有3'-突出末端(至少有4个碱基，且具有3'-末端C残基)的DNA、单链DNA、硫代磷酸酯连接的核苷酸无活性。-**Lambda核酸外切酶**：对5'-OH端的切割速度比5'-P端慢约20倍；对单链DNA的酶切速度比双链DNA慢约100倍。4.**应用场景**：-**ExoIII**：可以用于生产特定方向的单链DNA，将线性化DNA设计成为一端为不切割末端（3'突出端），另一端则设计为易切割末端（平端或5'突出端）。

使用体外转录技术合成gRNA，确保gRNA的质量和纯度，这对后续实验的成功至关重要 。Recombinant Mouse CD4/LEU3 Protein,His Tag

提取的DNA质量评估通常涉及以下几个方面：1.**纯度评估**：-**分光光度法**：通过测量DNA样本在260nm和280nm处的吸光度（OD值）来评估DNA的纯度。纯度可以通过OD260/OD280的比值来评估，对于纯DNA，这个比值通常在1.8左右。如果比值低于1.8，可能表明存在蛋白质污染；如果高于1.9，则可能存在RNA污染。此外，OD260/OD230的比值可以用来评估盐离子等杂质的残留，纯DNA的比值应在2.0-2.2之间。-**琼脂糖凝胶电泳法**：通过电泳分离DNA片段，根据DNA在凝胶上的迁移情况来评估其纯度。如果泳道口中存在较亮的条带，可能表明存在蛋白污染。2.**浓度评估**：-**紫外分光光度计**：使用紫外分光光度计测定DNA在260nm处的吸光度，根据比尔-朗伯定律（Beer-Lambertlaw）计算DNA的浓度。对于纯DNA，OD260的读数为1.0时，大约相当于50μg/mL的双链DNA。-**荧光定量法**：使用荧光染料结合DNA，通过测量荧光变化来定量DNA。这种方法比紫外分光光度法更敏感、精确，并且可能对特定的核酸有特异性。