有研究发现，杆状病毒表达载体体系BEV生产的rAAV发生了与293生产体系不同的衣壳蛋白翻译后修饰（post-translationalmodifications,PTMs）。这一差异是否会影响载体趋向性和转导效率还需要进一步验证。除此之外，杆状病毒多重infection会导致载体蛋白VP1、VP2和VP3比例不一致。尽管如此，BEV/Sf9系统仍然是一种颇有吸引力的大规模临床级载体生产策略。随着以后对基因药物需求的增加，AAV载体的需求量也会与日俱增，而BEV系统能够降低AAV的成本，未来还是很有发展潜力的。SAN HQ终产品放行检测包括微生物、Fungus及Endotoxin检测等；浙江基因药物生产用高盐核酸酶
在生物工艺流程中，需要使用核酸酶去除终产品中的核酸污染，而核酸酶作为外源成份，也需要在生产流程中去除。核酸酶去除工艺包括热灭活法、酶抑制剂、离子交换和亲合层析法等。AAV衣壳亚种之间因表面电荷的差异导致不同的的等电点，——空衣壳pI在6.3左右，包装了完整基因组DNA后的病毒颗粒pI大致为5.9。而来自于S.marcescens的全能核酸酶pI 6.85左右，SAN HQ高盐核酸酶pI 9.6左右。因此，在同样的条件下，从AAV溶液中去除SAN HQ高盐核酸酶比去除Benzonase全能核酸酶更容易、更彻底。山东SAN HQ TF高盐核酸酶一个美国客户对SAN HQ高盐核酸酶纯化病毒载体的效率进行了评估。
从国内来看，由于 AAV 基因药物研发管线绝大部分集中在眼科遗传病上，载体用量较小，三质粒共转染 AAV 系统足以满足未来的临床及商业需求，因此，国内的 AAV 生产系统主要以三质粒为主。然而，考虑到未来 AAV 基因药物在血液、神经系统、肌肉系统等领域的临床应用，三质粒系统显然难以胜任。如药明生基从国外收购了 OXGENE 的辅助腺病毒 AAV 生产系统 TESSA，据报道较三质粒系统有10倍的提升；而基因药物 CDMO 企业北京五加和基因则在国内率先采用了陈海峰博士的威洛克公司授权的Bac-to-AAV 系统，凭借公司在病毒载体领域持续30年的研发经验，不断摸索、试验，终于在临床级生产方面获得了巨大的成功，为 AAV 基因药物管线研发公司锦篮基因进行多批次临床 CDMO 代工生产。
氯化铯(CsCl)/碘克沙醇密度梯度离心大概是经典的AAV纯化技术了。这种技术适用于所有血清型且分辨率高，但是因生产工艺很难放大，低通量等缺点阻碍了其在工业中的应用。继密度梯度离心之后，色谱法不断发展，并逐渐成为一种成熟的、主流的方法。色谱法通过载体的净电荷、疏水性、对配体的亲和性、大小以及其他性质来分离并纯化载体。这类技术有诸多的优点：更具可扩展性和成本效益，可多次重复使用，可并行运行或串联运行，还可有效去除非定植剂，这是开发后期的一个关键方面。ArcticZymes所有产品的开发、生产及销售等都符合ISO13485:2016质量管理体系标准。
市售的SAN HQ高盐核酸酶有三个规格，分别是25kU、500kU及5MU，分别满足研发初期及大规模生产各阶段的要求。通过SDS-PAGE检测蛋白纯度在98%以上。基于ArcticZymes Technologies的30年的酶学开发及大规模生产经验，SAN HQ的生产体系稳定，产品纯度高，批次一致性好，无蛋白酶活性。厂家开发出特异的缓冲液体系，使SAN HQ保存起来更加稳定，-15℃ - -30℃条件下有效期3年左右。研究数据表明，经过5-6次的反复冻融，SAN HQ高盐核酸酶活性没有明显变化。SAN HQ高盐核酸酶在低温下也能保持高活性。云南基因药物生产用高盐核酸酶
SAN HQ高盐核酸酶在盐浓度400-650mM条件下活性达到峰值。浙江基因药物生产用高盐核酸酶
相比传统的Benzonase核酸酶，SAN HQ高盐核酸酶的优势是在400mM-600mM盐浓度条件下具有适宜酶活性。在这个条件下，AAV病毒载体聚集更少、更加稳定；SAN HQ的使用能够简化生产工艺、降低酶用量及成本，不需额外脱盐操作；AAV病毒载体得率更高，且HCD残留更少、AAV产物更稳定。曲光教授在2005年发表的文章中，以AAV2为例探讨了引起AAV病毒聚集的因素，并探索了AAV病毒纯化和制剂过程中抑制聚集的方法。该文章通过筛选发现，高盐浓度能够抑制AAV病毒团聚，让AAV病毒更加稳定，且高盐浓度并不削弱AAV病毒的侵染活性。浙江基因药物生产用高盐核酸酶
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